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- PDB-4j32: Structure of the effector - immunity system Tae4 / Tai4 from Salm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j32
タイトルStructure of the effector - immunity system Tae4 / Tai4 from Salmonella typhimurium
要素
  • Putative cytoplasmic protein細胞質
  • Putative periplasmic proteinペリプラズム
キーワードTOXIN/INHIBITOR / N1pC/P60 papain like cysteine peptidase Tae4 / peptidoglycan hydrolase / immunity protein Tai4 / Tae4: cytoplasmatic / Tai4: periplasmatic / TOXIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) - #70 / Type VI secretion system (T6SS), amidase immunity protein / T6SS superfamily / Type VI secretion system (T6SS), amidase immunity protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1620 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Alpha-Beta Complex ...endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) - #70 / Type VI secretion system (T6SS), amidase immunity protein / T6SS superfamily / Type VI secretion system (T6SS), amidase immunity protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1620 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ETHOXYETHANOL / クエン酸 / Periplasmic protein / Cytoplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / rigid-body refinement / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Benz, J. / Reinstein, J. / Meinhart, A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural Insights into the Effector - Immunity System Tae4/Tai4 from Salmonella typhimurium.
著者: Benz, J. / Reinstein, J. / Meinhart, A.
履歴
登録2013年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22014年1月15日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cytoplasmic protein
B: Putative periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,17912
ポリマ－31,0802
非ポリマー1,09910
水3,639202
1
A: Putative cytoplasmic protein
B: Putative periplasmic protein
ヘテロ分子

A: Putative cytoplasmic protein
B: Putative periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,35924
ポリマ－62,1604
非ポリマー2,19820
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area11780 Å2
ΔGint16 kcal/mol
Surface area23280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.650, 63.650, 365.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Putative cytoplasmic protein / 細胞質 / Tae4


分子量: 19369.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q93IS4
#2: タンパク質 Putative periplasmic protein / ペリプラズム / Tai4


分子量: 11711.182 Da / 分子数: 1
Fragment: periplasmatic inhibitor domain (UNP residues 27-127)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8ZRL5
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物
ChemComp-ETX / 2-ETHOXYETHANOL / 2-エトキシエタノ-ル / 2-Ethoxyethanol


分子量: 90.121 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 200 mM tri-sodium citrate pH 6.0, 30 % (v/v) 2-ethoxyethanol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99981 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月5日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99981 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 42126 / Num. obs: 42126 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 6089 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: rigid-body refinement
開始モデル: 4J30

4j30


解像度: 1.8→37.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.393 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20332 2107 5 %RANDOM
Rwork0.18186 ---
obs0.18291 42126 99.1 %-
all-42126 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.896 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å20.62 Å20 Å2
2--1.23 Å20 Å2
3----1.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 74 202 2318
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4751.9633062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.075290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.74224.571105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.57115385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8911511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.21071
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21531
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7241.51380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18222178
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.92131011
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.954.5866
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 151 -
Rwork0.222 2857 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.47-0.59271.2482.9275-0.651.8109-0.0364-0.0303-0.0151-0.00510.05470.0732-0.0867-0.0393-0.0183-0.0332-0.0188-0.0229-0.1927-0.0025-0.136535.778936.15672.4177
20.9512-0.42210.83071.1082-0.22583.3016-0.0822-0.15470.0509-0.04450.098-0.0155-0.138-0.1076-0.0157-0.13070.05090.0251-0.15-0.004-0.150146.833330.764337.9821
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 161
2X-RAY DIFFRACTION2B27 - 127

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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