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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4inz | ||||||
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タイトル | The crystal structure of M145A mutant of an epoxide hydrolase from Bacillus megaterium | ||||||
要素 | Soluble epoxide hydrolaseEpoxide hydrolase 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / a/b hydrolase fold / enzymatic resolution | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ピリミジン-5'-ヌクレオチドヌクレオシダーゼ / pyrimidine-5'-nucleotide nucleosidase activity / epoxide hydrolase activity / 代謝 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus megaterium (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kong, X.D. / Zhou, J.H. / Xu, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Engineering of an epoxide hydrolase for efficient bioresolution of bulky pharmaco substrates. 著者: Kong, X.D. / Yuan, S. / Li, L. / Chen, S. / Xu, J.H. / Zhou, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4inz.cif.gz | 262.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4inz.ent.gz | 211.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4inz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/4inz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/4inz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35226.551 Da / 分子数: 2 / 変異: M145A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア) 株: ECU1001 isolate / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 DE3 参照: UniProt: G9BEX6, ピリミジン-5'-ヌクレオチドヌクレオシダーゼ #2: 化合物 | ChemComp-EDO / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.74 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Tris, 34% PEG 3000, 0.2M Lithium sulfate , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年12月14日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 416525 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 16.092 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→36.941 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.02 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.741 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→36.941 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23
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