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- PDB-4in4: Crystal structure of cpd 15 bound to Keap1 Kelch domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4in4
タイトルCrystal structure of cpd 15 bound to Keap1 Kelch domain
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to oxidative stress / Neddylation / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / 小胞体 / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif ...Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / 6 Propeller / ノイラミニダーゼ / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4ID / リン酸塩 / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Silvian, L. / Marcotte, D.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Small molecules inhibit the interaction of Nrf2 and the Keap1 Kelch domain through a non-covalent mechanism.
著者: Marcotte, D. / Zeng, W. / Hus, J.C. / McKenzie, A. / Hession, C. / Jin, P. / Bergeron, C. / Lugovskoy, A. / Enyedy, I. / Cuervo, H. / Wang, D. / Atmanene, C. / Roecklin, D. / Vecchi, M. / ...著者: Marcotte, D. / Zeng, W. / Hus, J.C. / McKenzie, A. / Hession, C. / Jin, P. / Bergeron, C. / Lugovskoy, A. / Enyedy, I. / Cuervo, H. / Wang, D. / Atmanene, C. / Roecklin, D. / Vecchi, M. / Vivat, V. / Kraemer, J. / Winkler, D. / Hong, V. / Chao, J. / Lukashev, M. / Silvian, L.
履歴
登録2013年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22013年7月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
C: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,78117
ポリマ－98,0363
非ポリマー3,74514
水2,972165
1
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0537
ポリマ－32,6791
非ポリマー1,3756
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9586
ポリマ－32,6791
非ポリマー1,2805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7694
ポリマ－32,6791
非ポリマー1,0903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.604, 96.509, 142.462
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
詳細biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 32678.564 Da / 分子数: 3 / 断片: Kelch domain residues 321-609 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INRF2, KEAP1, KIAA0132, KLHL19 / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q14145
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-4ID / 2-({5-[(2,4-dimethylphenyl)sulfonyl]-6-oxo-1,6-dihydropyrimidin-2-yl}sulfanyl)-N-[2-(trifluoromethyl)phenyl]acetamide


分子量: 497.511 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18F3N3O4S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.5M Sodium Formate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月23日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→96.7 Å / Num. all: 35183 / Num. obs: 35183 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rsym value: 0.189 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.59→2.73 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 5054 / Rsym value: 0.722 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1zgk

1zgk


解像度: 2.59→96.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU B: 9.411 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.577 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2496 1764 5 %RANDOM
Rwork0.1908 ---
obs0.1937 33363 99.92 %-
all-35130 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.35 Å2 / Biso mean: 22.6175 Å2 / Biso min: 4.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å2-0 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→96.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6604 0 238 165 7007
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0197007
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9311.9749578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.873314167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6835858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.30522.593324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.60515982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7621566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2998
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021763
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5332.13441
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5332.13440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5383.1454296
LS精密化 シェル解像度: 2.594→2.661 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 121 -
Rwork0.236 2431 -
all-2552 -
obs-2552 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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