PDB-6tg8: Crystal structure of the Kelch domain in complex with 11 amino ac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tg8

タイトル

Crystal structure of the Kelch domain in complex with 11 amino acid peptide (model of the ETGE loop)

要素

Kelch-like ECH-associated protein 1
VAL-ILE-ASN-PRO-GLU-THR-GLY-GLU-GLN-ILE-GLN

キーワード

LIGASE / complex / beta proteins / Kelch motif

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Kekez, I. / Matic, S. / Tomic, S. / Matkovic-Calogovic, D.

資金援助

クロアチア, 1件

引用

ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2021
タイトル: Binding of dipeptidyl peptidase III to the oxidative stress cell sensor Kelch-like ECH-associated protein 1 is a two-step process.
著者: Matic, S. / Kekez, I. / Tomin, M. / Bogar, F. / Supljika, F. / Kazazic, S. / Hanic, M. / Jha, S. / Brkic, H. / Bourgeois, B. / Madl, T. / Gruber, K. / Macheroux, P. / Matkovic-Calogovic, D. / ...

履歴

登録	2019年11月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年10月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tg8.cif.gz	75.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tg8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tg8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/6tg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/6tg8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zgkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2iax-d 3hli-4 2iao-d 4in4-1 2gvx-d 2gvu-d 3hlh-3 3vng-d 1dwc-d 1ucy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Kelch-like ECH-associated protein 1

PPP: VAL-ILE-ASN-PRO-GLU-THR-GLY-GLU-GLN-ILE-GLN

ヘテロ分子

32.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.296, 75.296, 127.539
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19 分子量: 31583.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: タンパク質・ペプチド	VAL-ILE-ASN-PRO-GLU-THR-GLY-GLU-GLN-ILE-GLN 分子量: 1227.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.33 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.8 M sodium acetate pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→65.208 Å / Num. obs: 11948 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 18.1 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 40.66
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / R_merge(I) obs: 0.614 / Num. unique obs: 1198

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
CrysalisPro	1.171.40.53	データ削減
Aimless	7.0.077	データスケーリング
AMoRE	7.0.077	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1zgk

1zgk

解像度: 2.75→17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 18.237 / SU ML: 0.321 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.651 / ESU R Free: 0.337 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2584	560	4.951 %
R_work	0.181	-	-
all	0.185	-	-
obs	-	11310	99.49 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.133 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	-0.03 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.196 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2302	0	1	9	2312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.499	1.644	3246
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.212	1.572	4871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.742	5	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.296	20.657	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.645	15	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.114	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2771
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	546
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	446
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.243	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.891	7.152	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.874	7.148	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.247	10.73	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.246	10.736	1509
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.518	7.848	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.494	7.841	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.655	11.528	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.647	11.529	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.99	82.487	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.988	82.533	2557

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.82	0.39	33	0.39	769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.896	0.388	28	0.341	781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.896-2.978	0.468	34	0.315	703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.978-3.067	0.283	34	0.288	717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.067-3.165	0.431	48	0.262	676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.165-3.274	0.31	43	0.25	677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.274-3.394	0.332	27	0.23	629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.394-3.528	0.33	35	0.215	637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.528-3.68	0.287	42	0.198	581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-3.853	0.288	29	0.178	578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.853-4.053	0.176	26	0.164	565	X-RAY DIFFRACTION	100
4.053-4.288	0.163	19	0.12	528	X-RAY DIFFRACTION	100
4.288-4.569	0.186	33	0.114	482	X-RAY DIFFRACTION	100
4.569-4.914	0.169	36	0.105	460	X-RAY DIFFRACTION	100
4.914-5.35	0.231	16	0.118	449	X-RAY DIFFRACTION	100
5.35-5.929	0.282	18	0.159	405	X-RAY DIFFRACTION	100
5.929-6.748	0.296	20	0.189	355	X-RAY DIFFRACTION	100
6.748-8.039	0.255	19	0.201	308	X-RAY DIFFRACTION	100
8.039-10.549	0.213	14	0.148	267	X-RAY DIFFRACTION	100
10.549-17.813	0.306	4	0.2	181	X-RAY DIFFRACTION	92.9648

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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