PDB-4il0: Crystal structure of GlucDRP from E. coli K-12 MG1655 (EFI target...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4il0

タイトル

Crystal structure of GlucDRP from E. coli K-12 MG1655 (EFI target EFI-506058)

要素

Glucarate dehydratase-related protein

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

TIM-barrel (TIMバレル) /

dehydratase (脱水酵素) / GlucD /

Structural Genomics (構造ゲノミクス)

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular catabolic process /

付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / amino acid catabolic process /

lyase activity /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Lukk, T. / Ghasempur, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K. / Enzyme Function Initiative (EFI)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Glucarate dehydratase and its related protein from Escherichia coli form a heterotetrameric complex.
著者: Lukk, T. / Ghasempur, S. / Imker, H.J. / Nair, S.K. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2012年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4il0.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4il0.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4il0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4il0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4il0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4gypSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3n6j-d 3pfr-d 4hn8-1 1jdf-d 3n6h-d 4g8t-d 1ec9-d 1ec8-d 1ecq-d 1ec7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-506058

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glucarate dehydratase-related protein

B: Glucarate dehydratase-related protein

C: Glucarate dehydratase-related protein

D: Glucarate dehydratase-related protein

E: Glucarate dehydratase-related protein

F: Glucarate dehydratase-related protein

G: Glucarate dehydratase-related protein

H: Glucarate dehydratase-related protein

ヘテロ分子

410 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Glucarate dehydratase-related protein

B: Glucarate dehydratase-related protein

E: Glucarate dehydratase-related protein

F: Glucarate dehydratase-related protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
205 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Glucarate dehydratase-related protein

D: Glucarate dehydratase-related protein

G: Glucarate dehydratase-related protein

H: Glucarate dehydratase-related protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
205 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.090, 94.030, 155.200
Angle α, β, γ (deg.)	101.470, 96.740, 79.860
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Glucarate dehydratase-related protein / GDH-RP / GlucDRP 分子量: 51075.758 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 substr. MG1655 / 遺伝子: gudX / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q46915, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.38 %
結晶化	温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Protein solution was at 20 mg/mL containing 50 mM Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 10 mM EDTA and 10 mM bME. Mother liqueur contained 0.2 M Na citrate (pH 4.6), 20% PEG 3,350. 20% glycerol was ...詳細: Protein solution was at 20 mg/mL containing 50 mM Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 10 mM EDTA and 10 mM bME. Mother liqueur contained 0.2 M Na citrate (pH 4.6), 20% PEG 3,350. 20% glycerol was used as the cryoprotectant, vapor diffusion, hanging drop, temperature 282K

結晶

マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.38 %

結晶化

温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Protein solution was at 20 mg/mL containing 50 mM Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 10 mM EDTA and 10 mM bME. Mother liqueur contained 0.2 M Na citrate (pH 4.6), 20% PEG 3,350. 20% glycerol was ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97859 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月12日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97859 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 115292 / Num. obs: 112207 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 36.789 Å² / R_merge(I) obs: 0.143 / R_sym value: 0.143 / Net I/σ(I): 9.47

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.8-2.87	0.539	2.33	21361	8417	1	97.8
2.87-2.95	0.479	2.62	20482	8089	1	97.7
2.95-3.04	0.452	2.78	20091	7908	1	97.8
3.04-3.13	0.35	3.62	19443	7676	1	97.6
3.13-3.23	0.289	4.48	18857	7428	1	97.6
3.23-3.35	0.236	5.55	18158	7158	1	97.7
3.35-3.47	0.216	6.33	17508	6911	1	97.4
3.47-3.61	0.173	7.85	16933	6692	1	97.5
3.61-3.78	0.139	9.68	16057	6378	1	97.5
3.78-3.96	0.121	11.33	15310	6091	1	97.2
3.96-4.17	0.112	13.07	14603	5782	1	97.3
4.17-4.43	0.097	14.37	13777	5490	1	97.5
4.43-4.73	0.09	15.46	13079	5203	1	97.9
4.73-5.11	0.079	16.45	12022	4798	1	97.8
5.11-5.6	0.093	15.17	11239	4432	1	97.7
5.6-6.26	0.09	15.53	10214	4024	1	97.6
6.26-7.23	0.074	17.78	8958	3542	1	97.8
7.23-8.85	0.045	23.9	7285	2949	1	97.5
8.85-12.52	0.032	29.58	5584	2301	1	97.4
12.52-30	0.033	28.88	2294	938	1	72.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8_1066	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GYP

4gyp

解像度: 2.8→19.86 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8459 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2313	5609	5 %	random
R_work	0.1733	-	-	-
all	0.226	115249	-	-
obs	0.1762	112188	97.61 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.47 Å² / B_iso mean: 27.6265 Å² / B_iso min: 0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26575	0	116	481	27172

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	27320
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.253	37186
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	4061
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	4901
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.787	9852

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7999-2.8316	0.2965	189	0.2433	3595	3784	98
2.8316-2.8649	0.3113	188	0.2442	3555	3743	98
2.8649-2.8997	0.3224	186	0.2381	3549	3735	98
2.8997-2.9363	0.3342	188	0.2504	3575	3763	98
2.9363-2.9748	0.3416	187	0.2525	3535	3722	98
2.9748-3.0154	0.3175	186	0.2359	3537	3723	98
3.0154-3.0583	0.2951	190	0.2318	3610	3800	98
3.0583-3.1038	0.3041	184	0.2165	3511	3695	97
3.1038-3.1521	0.283	188	0.2157	3572	3760	98
3.1521-3.2036	0.274	187	0.2093	3545	3732	98
3.2036-3.2586	0.2852	186	0.2024	3542	3728	98
3.2586-3.3176	0.2788	188	0.1999	3568	3756	97
3.3176-3.3811	0.2621	187	0.1884	3555	3742	98
3.3811-3.4498	0.2656	189	0.1855	3582	3771	97
3.4498-3.5244	0.2314	184	0.1855	3487	3671	98
3.5244-3.6059	0.254	187	0.1801	3564	3751	97
3.6059-3.6955	0.2146	186	0.1702	3541	3727	97
3.6955-3.7948	0.2309	187	0.1603	3554	3741	98
3.7948-3.9056	0.1968	187	0.1544	3552	3739	97
3.9056-4.0307	0.1907	186	0.1453	3515	3701	97
4.0307-4.1734	0.2299	186	0.1492	3536	3722	97
4.1734-4.3389	0.1872	187	0.1426	3563	3750	97
4.3389-4.5341	0.2031	188	0.1345	3579	3767	98
4.5341-4.77	0.1834	188	0.1326	3556	3744	98
4.77-5.0642	0.1683	187	0.129	3558	3745	98
5.0642-5.4478	0.1995	187	0.1382	3546	3733	98
5.4478-5.9824	0.2011	187	0.1632	3553	3740	97
5.9824-6.8172	0.2276	187	0.1627	3556	3743	98
6.8172-8.4763	0.1693	188	0.1512	3578	3766	98
8.4763-19.8607	0.18	184	0.15	3510	3694	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3365	-0.0462	-0.1758	0.4811	0.1376	0.1157	-0.1969	0.6293	-0.1698	-0.2932	0.0291	-0.0557	-0.0085	-0.0855	0.0425	0.2029	-0.0937	-0.0039	0.2168	-0.0433	0.1259	-34.6348	1.6903	2.1948
2	0.2241	-0.2209	0.1338	0.2948	0.0265	0.4893	0.0464	-0.0571	-0.1599	-0.0372	0.0268	0.1717	0.0684	-0.1146	-0.0592	0.1033	0.0007	-0.0069	0.0415	0.0679	0.2318	-50.1977	-2.6791	25.1237
3	0.3397	0.0313	-0.1662	0.3861	-0.248	0.2145	-0.1225	0.0548	-0.0717	-0.0334	0.0581	-0.0593	0.0865	-0.0464	0.0425	0.094	-0.0236	0.0139	0.0202	0.0009	0.1735	-33.2628	7.2655	17.7614
4	0.0131	-0.0411	0.0189	0.1363	-0.0896	0.1087	0.015	0.0183	0.0219	-0.0439	0.0251	0.0615	-0.0011	-0.0544	0.0576	0.139	0.0648	0.0154	0.109	0.1811	0.2874	-52.7212	15.6108	14.3249
5	0.6814	-0.2694	-0.0055	0.1228	-0.0092	0.0139	-0.0698	-0.1417	0.06	-0.1016	0.0677	0.101	-0.0561	-0.0702	-0.0218	0.1886	-0.0059	-0.0544	0.0424	0.017	0.1828	-51.9267	-31.602	19.5148
6	0.4494	0.2457	0.0989	0.1484	0.0981	0.4453	0.0764	-0.1119	-0.2812	-0.1411	0.0377	0.0622	0.1756	-0.0752	0.0315	0.1774	0.0193	-0.0393	0.0989	0.0329	0.2879	-47.9062	-41.5516	24.1457
7	0.1106	0.0661	0.0734	0.0985	0.0514	0.185	-0.0164	-0.0083	0.0853	-0.1357	0.0066	0.0103	-0.1179	-0.0054	-0.0099	0.1724	-0.0613	-0.0906	0.0542	-0.0182	0.1124	-35.883	-34.248	10.1107
8	0.0977	-0.023	0.0331	0.1232	0.0952	0.1322	-0.0059	0.1017	0.1091	-0.3104	0.0294	0.0891	0.0193	0.1073	0.0765	0.2582	-0.0098	-0.0316	-0.2409	0.0074	0.1804	-38.7651	-42.1952	3.2883
9	0.0005	-0.0016	0.0196	0.0041	-0.0305	0.6398	-0.0956	-0.0036	0.1159	-0.0707	-0.0196	0.1361	-0.2328	-0.1929	0.1125	0.1846	-0.0032	-0.1203	0.1135	-0.0282	0.3165	-47.6789	-22.2148	16.8698
10	0.0357	-0.0348	-0.0458	0.0509	0.004	0.1268	0.0309	0.038	-0.0818	-0.0229	-0.0449	0.0319	-0.0623	-0.0618	-0.0084	0.2425	0.0238	-0.1941	0.1201	-0.0067	0.379	-58.1839	-43.7223	-2.2914
11	0.2908	0.1983	-0.1134	0.1565	-0.0807	0.0402	0.01	0.1642	0.326	0.0474	0.0221	0.0757	-0.085	-0.035	-0.0513	0.1227	-0.0201	-0.0534	0.1499	0.1161	0.3265	3.4406	-3.6121	54.0582
12	0.4336	-0.048	0.1391	0.23	0.0367	0.1659	-0.002	-0.0411	0.0773	0.0299	0.0238	0.0908	0.0157	0.0071	0.0133	0.0889	-0.0329	-0.0231	0.118	0.012	0.1068	1.4147	-23.4927	65.9885
13	0.2313	-0.0044	-0.0042	0.0631	-0.0018	0.0069	-0.023	0.0116	0.0003	0.0056	0.0497	0.0078	-0.0172	0.0367	0.0135	0.0001	-0.0865	-0.0203	0.2227	0.0168	0.0901	14.0727	-15.1845	70.6796
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精密化 TLSグループ

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36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 76 through 127 )	G
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 128 through 269 )	G
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 270 through 302 )	G
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 303 through 331 )	G
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 332 through 356 )	G
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid 357 through 414 )	G
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'G' and (resid 415 through 445 )	G
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 6 through 75 )	H
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 76 through 100 )	H
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 101 through 172 )	H
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 173 through 198 )	H
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 199 through 225 )	H
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 226 through 353 )	H
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'H' and (resid 354 through 445 )	H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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