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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4i89 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of transthyretin in complex with diflunisal at acidic pH | ||||||
要素 | Transthyretinトランスサイレチン | ||||||
キーワード | transport protein/inhibitor / amyloidosis (アミロイドーシス) / fibrillogenesis inhibitor / transthyretin stabilizers / T4 or T3 hormone / plasma / transport protein-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Non-integrin membrane-ECM interactions / purine nucleobase metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Non-integrin membrane-ECM interactions / purine nucleobase metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å | ||||||
データ登録者 | Zanotti, G. / Cendron, L. / Folli, C. / Florio, P. / Imbimbo, B.P. / Berni, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2013 タイトル: Structural evidence for native state stabilization of a conformationally labile amyloidogenic transthyretin variant by fibrillogenesis inhibitors. 著者: Zanotti, G. / Cendron, L. / Folli, C. / Florio, P. / Imbimbo, B.P. / Berni, R. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Acidic pH-induced conformational changes in amyloidogenic mutant transthyretin. 著者: Pasquato, N. / Berni, R. / Folli, C. / Alfieri, B. / Cendron, L. / Zanotti, G. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009 タイトル: Amyloidogenic potential of transthyretin variants: insights from structural and computational analyses. 著者: Cendron, L. / Trovato, A. / Seno, F. / Folli, C. / Alfieri, B. / Zanotti, G. / Berni, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4i89.cif.gz | 64 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4i89.ent.gz | 47.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4i89.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/4i89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/4i89 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13751.280 Da / 分子数: 2 / 断片: Transthyretin (unp residues 21-147) / 変異: I84S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PALB, TTR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02766 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 15% (w/v) PEG 2000 monomethylether, 0.1 M ammonium sulfate, 0.05 M sodium acetate buffer, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8729 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→32.93 Å / Num. all: 27383 / Num. obs: 27383 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.78 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 3948 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4I87 解像度: 1.69→32.93 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.42 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.731 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.69→32.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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