PDB-4i63: Crystal Structure of E-R ClpX Hexamer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i63

タイトル

Crystal Structure of E-R ClpX Hexamer

要素

ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

キーワード

MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) /

ATPase (ATPアーゼ) /

hexamer (オリゴマー)

機能・相同性

機能・相同性情報

変性 /

HslUV protease complex /

endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein unfolding / proteolysis involved in protein catabolic process / ATP-dependent protein folding chaperone / disordered domain specific binding / unfolded protein binding /

protease binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 5.709 Å

データ登録者

Glynn, S.E. / Nager, A.R. / Stinson, B.S. / Schmitz, K.R. / Baker, T.A. / Sauer, R.T.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Nucleotide Binding and Conformational Switching in the Hexameric Ring of a AAA+ Machine.
著者: Stinson, B.M. / Nager, A.R. / Glynn, S.E. / Schmitz, K.R. / Baker, T.A. / Sauer, R.T.

履歴

登録	2012年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Refinement description
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i63.cif.gz	733.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i63.ent.gz	618.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i63.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/4i63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/4i63	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i34C 4i4lC 4i5oC 4i81C 4i9kC 3hwsS 3hte S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4i5o-d 4i81-d 4i34-d 4i9k-1 5wcb-d 20419 3hte-d 4i4l-d 20805 6sgz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

B: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

C: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

D: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

E: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

F: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

ヘテロ分子

237 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.219, 201.168, 222.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX 分子量: 39435.793 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0438, clpX, JW0428, lopC / プラスミド: pACYC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR (DE3) / 参照: UniProt: P0A6H1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M ammonium bromide, 0.1 M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 5.709→50 Å / Num. all: 7644 / Num. obs: 7644 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
5.709-6.01	5	0.352	1	96.2
6.01-6.25	6.3	0.346	1	98.7
6.25-6.53	8.4	0.315	1	100
6.53-6.87	9.3	0.259	1	100
6.87-7.3	9.7	0.197	1	100
7.3-7.87	9.7	0.149	1	100
7.87-8.65	9.4	0.118	1	100
8.65-9.9	9.3	0.097	1	100
9.9-12.44	8.9	0.08	1	99.9
12.44-50	8.4	0.074	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HWS

3hws

解像度: 5.709→49.056 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.15 / σ(F): 0.19 / 位相誤差: 39.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3145	339	4.6 %
R_work	0.3071	-	-
obs	0.3074	7364	94.98 %
all	-	7364	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 209.199 Å² / k_sol: 0.297 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	61.3733 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-26.7115 Å²	0 Å²
3-	-	-	-34.6618 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 5.709→49.056 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13903	0	30	0	13933

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	14076
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.449	19055
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.979	5116
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	2321
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2444

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
5.709-7.1892	0.374	155	0.4128	3268	X-RAY DIFFRACTION	90
7.1892-49.0576	0.2987	184	0.2801	3757	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0541	-6.1866	2.5515	16.4851	-7.0491	15.5235	-0.5671	-0.5464	-1.1009	0.752	0.842	-0.4438	0.047	-1.44	0.3037	1.6691	0.2309	0.1631	1.8099	0.153	1.8715	-30.019	-1.5973	50.543
2	12.7112	1.0758	-4.1481	5.6182	2.2515	16.5936	-0.1477	0.9266	-0.059	0.254	-0.3614	0.8215	-1.1521	-0.9987	0.1175	1.9457	0.6847	-0.2598	1.5777	0.2274	2.169	-22.2039	-28.7271	34.9052
3	17.4185	2.4302	-1.7545	10.6208	-0.4991	4.243	-1.0763	-0.3991	1.0168	-1.6006	0.6754	1.7504	-0.765	0.0043	0.8708	3.1349	-0.1968	-0.1485	1.7574	-0.0451	2.1179	-4.9842	-51.3978	50.4919
4	10.2675	0.215	-0.8003	7.032	-2.0392	3.8914	0.8091	1.7576	-1.0773	0.1672	-0.4816	0.7	-0.7504	-0.5431	-0.0421	1.8385	1.1598	-0.2556	2.5247	-0.2883	1.888	-13.3182	-46.3237	82.7878
5	8.5336	0.7452	2.1532	3.7609	-4.4452	2.4542	0.7373	0.5553	0.0442	0.1673	-1.367	0.951	0.9095	-0.2024	0.4577	2.4892	0.3805	0.2699	1.8938	0.2625	2.056	-24.4989	-20.0749	98.6647
6	12.0278	5.2065	0.5428	8.5285	0.2312	15.4257	0.5071	-0.3828	0.0655	0.169	-0.7488	0.8153	2.0655	2.1092	0.019	1.9278	0.3648	0.4133	1.9588	0.7439	2.5265	-32.0547	9.5485	86.2991
7	0.5203	-1.8868	-0.4548	10.6273	15.536	11.3408	-1.0758	2.0437	-0.5335	1.7381	-0.4774	0.3682	0.0209	0.1884	-0.0807	2.9654	0.3973	-0.1074	2.6203	0.0558	2.3756	-28.4562	-14.619	18.4107
8	10.3003	-1.885	3.7194	12.145	-2.6345	10.1878	1.2	-2.0309	-2.2944	0.9785	-0.167	-0.4774	0.4485	-0.8096	-1.0034	2.1338	-0.6495	-0.1394	3.2746	-0.2256	2.0789	-13.7183	-61.388	29.9595
9	2.7358	4.0187	6.0756	1.8159	0.8112	9.3518	1.1486	0.2729	0.6326	-0.2458	-1.189	0.3691	2.9017	1.5086	-0.4665	3.1794	0.3766	0.5979	2.5549	-0.6097	2.6458	0.791	-64.3089	78.5833
10	4.3316	7.4032	-0.7342	8.6647	0.5492	9.0693	0.6545	-0.2773	2.1654	2.5113	-1.2452	2.6516	0.5501	-0.3752	-0.374	1.6032	0.2508	0.5871	1.0061	0.6002	2.1494	-20.3149	-36.9158	114.8235
11	4.5075	-3.0072	1.9454	5.8256	-3.6831	4.6662	-0.1457	-0.8219	0.069	-1.5173	1.504	-0.1385	0.8355	-0.5946	-0.8274	3.0344	-0.4598	0.6675	3.2572	0.411	2.8768	-49.9951	1.5024	104.2444
12	-1.73	1.2735	0.6668	2.8034	1.2597	3.2575	-0.0857	-0.2005	-0.683	0.0613	-0.2001	0.0537	0.0555	-0.4968	-0.2024	2.7201	0.5058	-0.3939	2.7829	-0.5465	2.8314	-36.1415	19.8382	55.7849

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 63:318 or resid 500)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and (resid 63:318 or resid 500)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C and (resid 64:318 or resid 500)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D and (resid 63:318 or resid 500)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E and (resid 63:318 or resid 500)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F and (resid 64:318 or resid 500)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 319:413
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resid 319:413
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and resid 319:413
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D and resid 319:411
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain E and resid 319:413
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain F and resid 319:413

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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