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- PDB-4hzm: Crystal structure of Salmonella typhimurium family 3 glycoside hy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hzm
タイトルCrystal structure of Salmonella typhimurium family 3 glycoside hydrolase (NagZ) bound to N-[(3S,4R,5R,6R)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)piperidin-3-yl]butanamide
要素Beta-hexosaminidaseHexosaminidase
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / TIM-BARREL (TIMバレル) / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan turnover / beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylhexosaminidase activity / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / 細胞周期 / 細胞分裂 ...peptidoglycan turnover / beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylhexosaminidase activity / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / 細胞周期 / 細胞分裂 / response to antibiotic / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase, bacterial / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1BW / Beta-hexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Bacik, J.P. / Mark, B.L.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: The Development of Selective Inhibitors of NagZ: Increased Susceptibility of Gram-Negative Bacteria to beta-Lactams.
著者: Stubbs, K.A. / Bacik, J.P. / Perley-Robertson, G.E. / Whitworth, G.E. / Gloster, T.M. / Vocadlo, D.J. / Mark, B.L.
履歴
登録2012年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hexosaminidase
B: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1085
ポリマ－77,4482
非ポリマー6603
水16,574920
1
A: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9562
ポリマ－38,7241
非ポリマー2321
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1513
ポリマ－38,7241
非ポリマー4282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.765, 66.187, 95.065
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-hexosaminidase / Hexosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / N-acetyl-beta-glucosaminidase


分子量: 38723.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: nagZ, STM1209 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZQ06, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 糖 ChemComp-1BW / N-[(3S,4R,5R,6R)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)piperidin-3-yl]butanamide


タイプ: D-saccharide / 分子量: 232.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20N2O4
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 920 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.36 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 25% PEG 1000 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→49.12 Å / Num. all: 105765 / Num. obs: 105765 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 11.077 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 13664 / Rsym value: 0.468 / % possible all: 87.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4GVG

4gvg


解像度: 1.45→49.12 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1933 3160 2.99 %RANDOM
Rwork0.1693 ---
obs0.17 105697 97.96 %-
all-105765 --
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.409 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4426 Å20 Å2-0.6958 Å2
2--4.4633 Å20 Å2
3----1.0207 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→49.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5062 0 44 920 6026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085291
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1727168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5061964
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067785
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007946
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.47170.28031150.25833642X-RAY DIFFRACTION80
1.4717-1.49460.29681190.24753895X-RAY DIFFRACTION87
1.4946-1.51920.21621120.24654183X-RAY DIFFRACTION92
1.5192-1.54540.2491390.2234307X-RAY DIFFRACTION95
1.5454-1.57350.24221450.20254499X-RAY DIFFRACTION99
1.5735-1.60370.2321300.18834525X-RAY DIFFRACTION100
1.6037-1.63650.22621460.17354522X-RAY DIFFRACTION100
1.6365-1.6720.19061460.17974516X-RAY DIFFRACTION100
1.672-1.71090.21031450.17214541X-RAY DIFFRACTION100
1.7109-1.75370.21071350.1694527X-RAY DIFFRACTION100
1.7537-1.80110.18361410.16684564X-RAY DIFFRACTION100
1.8011-1.85410.23161410.16344534X-RAY DIFFRACTION100
1.8541-1.9140.1751390.16394539X-RAY DIFFRACTION100
1.914-1.98240.19841390.17024539X-RAY DIFFRACTION100
1.9824-2.06180.1721400.16754575X-RAY DIFFRACTION100
2.0618-2.15560.19111370.17154534X-RAY DIFFRACTION100
2.1556-2.26930.19611450.16584555X-RAY DIFFRACTION100
2.2693-2.41140.16981380.16024523X-RAY DIFFRACTION100
2.4114-2.59760.18331420.15784581X-RAY DIFFRACTION100
2.5976-2.8590.19481400.16394589X-RAY DIFFRACTION100
2.859-3.27260.19061380.16164560X-RAY DIFFRACTION100
3.2726-4.12280.1631450.14254627X-RAY DIFFRACTION100
4.1228-49.15110.1781430.16444660X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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