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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hy8 | ||||||
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タイトル | Structures of PR1 and PR2 intermediates from time-resolved laue crystallography | ||||||
要素 | Photoactive yellow protein | ||||||
キーワード | LUMINESCENT PROTEIN (生物発光) / PHOTORECEPTOR / CHROMOPHORE (発色団) / PHOTORECEPTOR PROTEIN / RECEPTOR (受容体) / SENSORY TRANSDUCTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Jung, Y.O. / Lee, J.H. / Kim, J. / Schmidt, M. / Vukica, S. / Wulff, M. / Moffat, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: NAT.CHEM. / 年: 2013 タイトル: Volume-conserving trans-cis isomerization pathways in photoactive yellow protein visualized by picosecond X-ray crystallography 著者: Jung, Y.O. / Lee, J.H. / Kim, J. / Schmidt, M. / Moffat, K. / Srajer, V. / Ihee, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hy8.cif.gz | 51.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hy8.ent.gz | 43 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hy8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/4hy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/4hy8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13888.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) 遺伝子: pyp / プラスミド: PQE80 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P16113 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HC4 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.29 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.6M AMMONIUM SULFATE, 50MM SODIUM PHOSPHATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID09 / 波長: 0.77-1.24 | |||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD | |||||||||
放射 | プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.6→28.9 Å / Num. all: 14623 / Num. obs: 13809 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 2 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.67 Å / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→10 Å / Num. parameters: 7901 / Num. restraintsaints: 10967 / Occupancy max: 0.51 / Occupancy min: 0.49 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE REGARDING TO PDB FILE WAS BACK FOURIER-TRANSFORMED AND WAS EXTRAPOLATED FROM THE TIME-INDEPENDENT DIFFERENCE ELECTRON DENSITY MAP. THIS MAP WAS GENERATED USING ...詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE REGARDING TO PDB FILE WAS BACK FOURIER-TRANSFORMED AND WAS EXTRAPOLATED FROM THE TIME-INDEPENDENT DIFFERENCE ELECTRON DENSITY MAP. THIS MAP WAS GENERATED USING KINETIC ANALYSIS BASED ON SEVERAL EXPERIMENTAL TIME-DEPENDENT DIFFERENCE ELECTRON DENSITY MAPS.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 53.92 Å2 / Biso mean: 18.8944 Å2 / Biso min: 0.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
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拘束条件 |
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