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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hsi | |||||||||
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タイトル | Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, A504P/R505G/Q507G/N511G mutant, low-pH | |||||||||
要素 | Envelope glycoprotein B | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / viral fusion protein / viral envelope (エンベロープ (ウイルス)) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.101 Å | |||||||||
データ登録者 | Heldwein, E.E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013 タイトル: Extensive Mutagenesis of the HSV-1 gB Ectodomain Reveals Remarkable Stability of Its Postfusion Form. 著者: Vitu, E. / Sharma, S. / Stampfer, S.D. / Heldwein, E.E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hsi.cif.gz | 441.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hsi.ent.gz | 364.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hsi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/4hsi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/4hsi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3nwaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 78697.094 Da / 分子数: 4 / 断片: ectodomain / 変異: A504P, R505G, Q507G, N511G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) 株: KOS / 遺伝子: gB, UL27 / プラスミド: pFastBac1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P06437 |
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-糖 , 2種, 8分子
#2: 多糖 | #3: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 3種, 24分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.73 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 15% PEG 4000, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na-citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→45.91 Å / Num. all: 89814 / Num. obs: 74374 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 52.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 10.25 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 7834 / % possible all: 87.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 3NWA 解像度: 3.101→45.906 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.19 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.101→45.906 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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