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万見
- PDB-3nw8: Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, high-pH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nw8
タイトルGlycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, high-pH
要素Envelope glycoprotein B
キーワードVIRAL PROTEIN / ENVELOPE GLYCOPROTEIN / MEMBRANE FUSION / Glycoprotein B / Herpesvirus 1 / HSV-1 / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1890 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3280 / SH3 type barrels. - #1230 / PH-domain like - #100 / : / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1890 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3280 / SH3 type barrels. - #1230 / PH-domain like - #100 / : / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / PH-domain like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / SH3 type barrels. / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MESO-ERYTHRITOL / Envelope glycoprotein B
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75915 Å
データ登録者Stampfer, S.D. / Lou, H. / Cohen, G.H. / Eisenberg, R.J. / Heldwein, E.E.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis of local, pH-dependent conformational changes in glycoprotein B from herpes simplex virus type 1.
著者: Stampfer, S.D. / Lou, H. / Cohen, G.H. / Eisenberg, R.J. / Heldwein, E.E.
履歴
登録2010年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Envelope glycoprotein B
A: Envelope glycoprotein B
C: Envelope glycoprotein B
D: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,82032
ポリマ－315,1894
非ポリマー4,63128
水3,765209
1
B: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,18421
ポリマ－236,3923
非ポリマー2,79318
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area41090 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area80040 Å2
手法PISA
2
A: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,61830
ポリマ－236,3923
非ポリマー4,22627
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area42520 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area79590 Å2
手法PISA
3
C: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

C: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

C: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,22927
ポリマ－236,3923
非ポリマー3,83724
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area41640 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area79400 Å2
手法PISA
4
D: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

D: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

D: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,42718
ポリマ－236,3923
非ポリマー3,03615
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area40630 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area80110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.985, 117.985, 321.537
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 BACD

#1: タンパク質
Envelope glycoprotein B / gB / gB-1 / gB1


分子量: 78797.203 Da / 分子数: 4 / 断片: Ectodomain (UNP residues 30 to 730) / 変異: Y179S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Y179S mutation
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
株: KOS / 遺伝子: gB, UL27 / プラスミド: pVT-Bac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P06437

-
糖 , 2種, 13分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 224分子

#4: 化合物
ChemComp-MRY / MESO-ERYTHRITOL / エリスリト-ル


分子量: 122.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O4
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT HSV-1 STRAIN KOS SEQUENCE IN THE UNP DATABASE CONTAINS THREE MUTATIONS RELATIVE ...AUTHORS STATE THAT HSV-1 STRAIN KOS SEQUENCE IN THE UNP DATABASE CONTAINS THREE MUTATIONS RELATIVE TO SEQUENCES OF OTHER STRAINS OF HSV-1 AND HSV-2. THEIR SEQUENCE WAS DERIVED FROM THE SEQUENCE OF HSV-1 KOS GB FROM PLASMID PKBXX (S. PERSON) AND DOES NOT CONTAIN THESE MUTATIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% PEG 4000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月26日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75903→48.6897 Å / Num. all: 128895 / Num. obs: 118749 / % possible obs: 92.1285 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.76→2.81 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / % possible all: 83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NWA

3nwa


解像度: 2.75915→48.6897 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.12 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2425 5778 5.31 %RANDOM
Rwork0.2015 ---
obs0.2037 108812 84.4257 %-
all-128885 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.125 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.241 Å20 Å2-0 Å2
2--5.241 Å2-0 Å2
3----10.4819 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75915→48.6897 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19454 0 295 209 19958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00320244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60127487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2797411
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423037
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023562
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7593-2.8040.35421280.30613815X-RAY DIFFRACTION63
2.804-2.8519000.30244286X-RAY DIFFRACTION71
2.8519-2.90310.33685620.28063862X-RAY DIFFRACTION64
2.9031-2.9583000.27454544X-RAY DIFFRACTION74
2.9583-3.01790.33314530.27024139X-RAY DIFFRACTION69
3.0179-3.08260.3117840.26294654X-RAY DIFFRACTION76
3.0826-3.1532000.25464782X-RAY DIFFRACTION79
3.1532-3.23080.27436100.24944241X-RAY DIFFRACTION70
3.2308-3.3167000.2464983X-RAY DIFFRACTION82
3.3167-3.41240.26466030.22884437X-RAY DIFFRACTION73
3.4124-3.52030.2787520.21635077X-RAY DIFFRACTION84
3.5203-3.6433000.20655239X-RAY DIFFRACTION86
3.6433-3.78550.24326670.19884632X-RAY DIFFRACTION76
3.7855-3.9528000.19015382X-RAY DIFFRACTION88
3.9528-4.15430.21426960.17724826X-RAY DIFFRACTION79
4.1543-4.40440.217730.15635623X-RAY DIFFRACTION93
4.4044-4.7281000.13965768X-RAY DIFFRACTION94
4.7281-5.17460.1997190.15435034X-RAY DIFFRACTION84
5.1746-5.8583000.17895889X-RAY DIFFRACTION96
5.8583-7.15480.23047340.20915091X-RAY DIFFRACTION84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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