PDB-4hfv: Crystal structure of lpg1851 protein from Legionella pneumophila ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hfv

タイトル

Crystal structure of lpg1851 protein from Legionella pneumophila (putative T4SS effector)

要素

Uncharacterized protein

キーワード

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Unknown Function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / effector

機能・相同性

機能・相同性情報

de novo design (two linked rop proteins) - #330 / Substrate of the Dot/Icm secretion system / Putative substrate of the Dot/Icm secretion system / Substrate of the Dot/Icm secretion system, putative / de novo design (two linked rop proteins) / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.901 Å

データ登録者

Michalska, K. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Mol Syst Biol / 年: 2016
タイトル: Diverse mechanisms of metaeffector activity in an intracellular bacterial pathogen, Legionella pneumophila.
著者: Urbanus, M.L. / Quaile, A.T. / Stogios, P.J. / Morar, M. / Rao, C. / Di Leo, R. / Evdokimova, E. / Lam, M. / Oatway, C. / Cuff, M.E. / Osipiuk, J. / Michalska, K. / Nocek, B.P. / Taipale, M. ...

履歴

登録	2012年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月4日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hfv.cif.gz	94.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hfv.ent.gz	78.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hfv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/4hfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/4hfv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rxiC 4rxvC 4xa9C 5dggC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nze-3 3zyr-d 5jja-2 6oyl-d 1lgc-1 4gt6-d 6amn-d 5nns-d 6toq-d 6nmg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC108125

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

22.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.339, 43.339, 205.621
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

詳細

THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 22213.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) 株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg1851 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q5ZUE7
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸 / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2 M diammonium citrate, 20% PEG3350, 1/70 thermolysin, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794534 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月14日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794534 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 18726 / Num. obs: 18684 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 21 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique all: 899 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
autoSHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.901→27.723 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.19 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED AT RIDING POSITIONS, THE PROTEIN WAS SUBJECTED TO IN SITU PROTEOLYSIS, THEREFORE THE EXACT LENGTH OF THE CRYSTALLIZED POLYPEPTIDE COULD NOT BE DETERMINED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2336	951	5.11 %	random
R_work	0.1829	-	-	-
all	0.1854	18596	-	-
obs	0.1854	18596	99.74 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.901→27.723 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1553	0	21	197	1771

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	1663
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.36	2250
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.48	655
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	248
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	293

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.901-2.0012	0.2839	147	0.2503	2429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0012-2.1266	0.2642	155	0.2076	2452	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1266-2.2907	0.2757	135	0.2099	2491	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2907-2.5211	0.2274	132	0.1752	2484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5211-2.8856	0.2421	127	0.174	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8856-3.6342	0.2221	125	0.1827	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6342-27.7255	0.2076	130	0.1653	2710	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8141	-2.2371	1.5871	2.8824	2.0118	7.714	-0.6403	-0.0054	1.1762	-0.3938	0.4457	-0.0273	-1.2526	0.653	0.1322	0.3267	0.0237	-0.0362	0.2598	-0.0165	0.2979	-4.3185	5.5612	12.763
2	1.0824	-0.8111	-0.3363	1.0428	0.4717	0.9291	-0.0795	0.1493	-0.6202	-0.3779	-0.115	0.5164	0.1032	-0.1982	0.0152	0.1327	-0.0171	0.0036	0.1022	-0.042	0.1357	-1.6961	-13.0332	4.1502
3	3.0823	-2.7465	0.0772	3.8891	0.7937	5.6533	-0.1877	0.0253	-1.1345	0.3494	-0.2147	0.631	0.9396	-0.7289	0.5567	0.2894	-0.027	0.0844	0.1488	-0.1431	0.3136	0.2968	-24.2239	-2.3877
4	2.7655	-0.8678	2.8345	1.863	-0.4404	6.7832	0.1876	-0.1791	-0.7925	0.0856	-0.0341	0.4095	0.6965	-0.9635	0.494	0.5	-0.0331	0.085	0.2154	-0.051	0.2884	-1.0564	-23.0624	6.9704
5	1.0823	0.4882	-0.3833	1.9964	-0.271	2.694	-0.11	0.1766	-0.1608	0.0098	-0.0274	0.2294	1.1714	-0.4658	-0.0296	-0.0648	-0.0484	0.0366	0.198	0.0188	0.1188	-3.7894	-14.5149	15.7876
6	0.9691	0.8705	0.8155	1.6587	0.2205	1.5356	-0.0167	0.131	0.0816	-0.0604	0.0035	-0.0072	-0.1405	-0.1252	-0.0036	0.0939	-0.0006	-0.0027	0.1023	0.0048	0.0792	5.0029	-4.3534	11.7816
7	7.9361	-1.62	1.8343	0.5212	0.1025	1.8691	0.1861	0.926	0.8798	0.0861	-0.5422	-0.0255	-1.6407	0.242	-0.4066	0.4508	-0.0042	0.0255	0.1468	-0.0239	0.1142	0.7467	6.904	10.036
8	0.5944	-0.2193	-0.4191	0.7269	-0.3028	3.5014	0.167	-0.0452	0.1807	0.0624	-0.3081	0.5326	-0.684	-0.0529	-0.1766	0.1636	0.0012	0.0003	0.181	-0.0353	0.1069	-2.4238	-2.0979	24.3625
9	1.4171	-0.5864	0.4209	0.8752	-0.2341	0.5545	-0.0349	-0.4491	0.0583	0.3402	0.0637	0.0362	0.5929	-0.0068	-0.0122	0.254	-0.0392	0.0421	0.2241	-0.0288	0.144	-2.0031	-18.2809	29.5647
10	2.405	-0.6917	-1.1185	4.6336	0.1019	2.1373	0.105	0.1113	0.3898	0.3546	0.1067	-0.8081	-0.3993	0.0259	0.005	0.1549	-0.0115	0.0026	0.1776	-0.0067	0.1401	5.275	5.9935	29.3459

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 : 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 8 : 26 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 27 : 33 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 34 : 45 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 46 : 68 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 69 : 108 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 109 : 118 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 119 : 136 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 137 : 159 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 160 : 189 )

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