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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h3b | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of JNK3 in Complex with SAB Peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / SH3BP-5 / MAPK / kinase (キナーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 JUN kinase activity / protein kinase inhibitor activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / JNK cascade / guanyl-nucleotide exchange factor activity / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 ...JUN kinase activity / protein kinase inhibitor activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / JNK cascade / guanyl-nucleotide exchange factor activity / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / cytoplasmic vesicle membrane / regulation of circadian rhythm / SH3 domain binding / rhythmic process / 細胞老化 / Oxidative Stress Induced Senescence / nuclear body / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / シグナル伝達 / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å | ||||||
データ登録者 | Nwachukwu, J.C. / Laughlin, J.D. / Figuera-Losada, M. / Cherry, L. / Nettles, K.W. / LoGrasso, P.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2012 タイトル: Structural Mechanisms of Allostery and Autoinhibition in JNK Family Kinases. 著者: Laughlin, J.D. / Nwachukwu, J.C. / Figuera-Losada, M. / Cherry, L. / Nettles, K.W. / Lograsso, P.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4h3b.cif.gz | 312.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4h3b.ent.gz | 254.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4h3b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/4h3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/4h3b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41180.641 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain (UNP residues 45-400) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK10, JNK3, JNK3A, PRKM10, SAPK1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P53779, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1053.233 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 341-350 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60239 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.45 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, 28-31% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.17 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Side scattering bent-cube I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degrees プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.17 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.721→73.196 Å / Num. all: 107830 / Num. obs: 73519 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 33.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1JNK 解像度: 2.08→36.7 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 23.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.602 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08→36.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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