[日本語] English
万見
- PDB-4h0b: Complex of G65T Myoglobin with DMSO in its Distal Cavity -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h0b
タイトルComplex of G65T Myoglobin with DMSO in its Distal Cavity
要素Myoglobinミオグロビン
キーワードOXYGEN TRANSPORT (血液)
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / 筋形質 / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / peroxidase activity / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ミオグロビン / Globins / Globin family profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / ミオグロビン
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Lebioda, L. / Lovelace, L.L. / Celeste, L.R. / Huang, X. / Wang, C. / Shengfang, S. / Dawson, J.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Complex of myoglobin with phenol bound in a proximal cavity.
著者: Huang, X. / Wang, C. / Celeste, L.R. / Lovelace, L.L. / Sun, S. / Dawson, J.H. / Lebioda, L.
履歴
登録2012年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年11月21日ID: 3OCK
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5839
ポリマ－17,4101
非ポリマー1,1738
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.499, 90.499, 45.319
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-543-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Myoglobin / ミオグロビン


分子量: 17410.199 Da / 分子数: 1 / 変異: G65T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185

-
非ポリマー , 6種, 274分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.6M AS, 50mM Tris 8.5, 1mM EDTA, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→50 Å / Num. obs: 57188 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 2.434 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.26-1.314.90.16456681.184199.9
1.31-1.365.80.15156651.2981100
1.36-1.425.80.1357351.4441100
1.42-1.495.70.11256681.6331100
1.49-1.595.90.10157132.0511100
1.59-1.715.70.09557242.551100
1.71-1.885.80.0857112.731100
1.88-2.155.70.0757513.441199.9
2.15-2.715.60.06257183.8261100
2.71-505.30.05658354.125199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUISerguiデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.26→32.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / WRfactor Rfree: 0.1602 / WRfactor Rwork: 0.1297 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.9385 / SU B: 0.712 / SU ML: 0.015 / SU R Cruickshank DPI: 0.032 / SU Rfree: 0.0333 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1534 2902 5.1 %RANDOM
Rwork0.1271 ---
obs0.1284 57185 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.73 Å2 / Biso mean: 12.7219 Å2 / Biso min: 3.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.26→32.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1212 0 73 266 1551
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0211314
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3492.0691783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.115153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.64224.15153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.18415227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.488154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2241.5765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.15921220
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1083549
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.494.5563
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.1331314
LS精密化 シェル解像度: 1.26→1.293 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.171 208 -
Rwork0.116 4018 -
all-4226 -
obs--99.72 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る