+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gja | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of renin in complex with NVP-AYL747 (compound 5) | ||||||
要素 | Reninレニン | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / renin inhibitor / fragment based screening / 3 / 5-disubstituted piperidines / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 レニン / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / 急性アルコール中毒 / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins ...レニン / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / 急性アルコール中毒 / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / amyloid-beta metabolic process / cell maturation / response to cAMP / insulin-like growth factor receptor binding / hormone-mediated signaling pathway / kidney development / 血圧 / male gonad development / cellular response to xenobiotic stimulus / apical part of cell / peptidase activity / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Ostermann, N. / Zink, F. / Kroemer, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013 タイトル: A novel class of oral direct Renin inhibitors: highly potent 3,5-disubstituted piperidines bearing a tricyclic p3-p1 pharmacophore. 著者: Ostermann, N. / Ruedisser, S. / Ehrhardt, C. / Breitenstein, W. / Marzinzik, A. / Jacoby, E. / Vangrevelinghe, E. / Ottl, J. / Klumpp, M. / Hartwieg, J.C. / Cumin, F. / Hassiepen, U. / ...著者: Ostermann, N. / Ruedisser, S. / Ehrhardt, C. / Breitenstein, W. / Marzinzik, A. / Jacoby, E. / Vangrevelinghe, E. / Ottl, J. / Klumpp, M. / Hartwieg, J.C. / Cumin, F. / Hassiepen, U. / Trappe, J. / Sedrani, R. / Geisse, S. / Gerhartz, B. / Richert, P. / Francotte, E. / Wagner, T. / Kromer, M. / Kosaka, T. / Webb, R.L. / Rigel, D.F. / Maibaum, J. / Baeschlin, D.K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gja.cif.gz | 149.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4gja.ent.gz | 117.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gja.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/4gja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/4gja | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37267.008 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 67-406 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REN 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P00797, レニン #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.22 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: reservoir: 18-21% PEG4000, 0.4-0.6 M sodium chloride, 50 mM sodium citrate, pH 4-5, protein solution: 10-15 mg/mL protein, 25 mM sodium chloride, 12.5 mM Tris, pH 8, drop: 1 uL protein ...詳細: reservoir: 18-21% PEG4000, 0.4-0.6 M sodium chloride, 50 mM sodium citrate, pH 4-5, protein solution: 10-15 mg/mL protein, 25 mM sodium chloride, 12.5 mM Tris, pH 8, drop: 1 uL protein solution + 1 uL reservoir, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979347 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月15日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979347 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50.05 Å / Num. obs: 29317 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 71.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 2V0Z 解像度: 2.6→50.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9493 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9272 / SU R Cruickshank DPI: 0.422 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.432 / SU Rfree Blow DPI: 0.258 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.26 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.61 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.311 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50.05 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Total num. of bins used: 15
|