[日本語] English
万見
- PDB-4g8o: Crystal Structure of a novel small molecule inactivator bound to ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g8o
タイトルCrystal Structure of a novel small molecule inactivator bound to plasminogen activator inhibitor-1
要素Plasminogen activator inhibitor 1
キーワードBLOOD CLOTTING/INHIBITOR / SERPIN (セルピン) / PAI-1 (プラスミノーゲンアクチベーターインヒビター1) / INHIBITOR (酵素阻害剤) / BLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) / BLOOD CLOTTING-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / negative regulation of smooth muscle cell migration / peptidase inhibitor complex / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of endopeptidase activity ...positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / negative regulation of smooth muscle cell migration / peptidase inhibitor complex / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of endopeptidase activity / negative regulation of plasminogen activation / negative regulation of blood coagulation / regulation of signaling receptor activity / positive regulation of monocyte chemotaxis / Dissolution of Fibrin Clot / ヘイフリック限界 / ECM proteoglycans / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / negative regulation of cell migration / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / platelet alpha granule lumen / positive regulation of interleukin-8 production / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of angiogenesis / Platelet degranulation / 血管新生 / collagen-containing extracellular matrix / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / defense response to Gram-negative bacterium / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / セルピン / Serpin domain / セルピン ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / セルピン / Serpin domain / セルピン / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-96P / Plasminogen activator inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Stuckey, J.A. / Lawrence, D.A. / Li, S.-H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Mechanistic characterization and crystal structure of a small molecule inactivator bound to plasminogen activator inhibitor-1.
著者: Li, S.H. / Reinke, A.A. / Sanders, K.L. / Emal, C.D. / Whisstock, J.C. / Stuckey, J.A. / Lawrence, D.A.
履歴
登録2012年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月1日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Plasminogen activator inhibitor 1
B: Plasminogen activator inhibitor 1
C: Plasminogen activator inhibitor 1
D: Plasminogen activator inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,74412
ポリマ－169,5224
非ポリマー1,2228
水2,936163
1
A: Plasminogen activator inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5393
ポリマ－42,3811
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Plasminogen activator inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4772
ポリマ－42,3811
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Plasminogen activator inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5733
ポリマ－42,3811
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Plasminogen activator inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1564
ポリマ－42,3811
非ポリマー7763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.335, 75.317, 105.002
Angle α, β, γ (deg.)91.32, 93.49, 115.65
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Plasminogen activator inhibitor 1 / PAI / PAI-1 / Endothelial plasminogen activator inhibitor / Serpin E1


分子量: 42380.570 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 28-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAI-1, PAI1, PLANH1, SERPINE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P05121
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-96P / (2S)-3-({[3-(trifluoromethyl)phenoxy]carbonyl}amino)propane-1,2-diyl bis(3,4,5-trihydroxybenzoate)


分子量: 583.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H20F3NO12
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 %
結晶化温度: 298 K
詳細: 0.99 - 1.54 M ammonium sulfate, 200 mM NaCl and 100 mM Na Cacodylate pH 6.5 - 6.8., VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K
PH範囲: 6.5 - 6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→20 Å / Num. obs: 42717 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 58.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.71→2.8 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.2精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MD2データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.11.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.71→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8682 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8362 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2679 2158 5.06 %RANDOM
Rwork0.2391 ---
obs0.2406 42667 87.61 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.9951 Å2-2.7048 Å2-3.6934 Å2
2--19.9477 Å21.6526 Å2
3----23.9428 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11485 0 75 163 11723
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00811838HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9216078HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5396SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes270HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1737HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11838HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1534SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12863SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.78 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3471 52 5.24 %
Rwork0.2812 940 -
all0.2842 992 -
obs--87.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.00210.283-1.02081.13670.15880.2394-0.0040.00590.0145-0.02450.02090.02380.0210.0098-0.01690.0064-0.0395-0.0404-0.030.03520.0064-0.0046-0.04810.1166
21.6233-0.60030.89951.13770.10610.1661-0.0099-0.0021-0.00640.03080.02340.0261-0.00820.0126-0.0136-0.030.0530.0691-0.00910.04370.01586.50410.3749-46.2946
31.117-0.96940.80151.5564-0.52790.60260.00220.01990.0045-0.0261-0.0057-0.0284-0.00660.00570.0035-0.02710.04580.0198-0.01860.00250.024828.7433-30.1391-56.6013
42.26560.8601-1.10463.5442-0.68391.4604-0.0088-0.0425-0.00740.0658-0.0071-0.0917-0.01090.07670.0160.0033-0.0452-0.0129-0.0407-0.00710.047661.3613-31.5243-94.3775
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A4 - 379
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B4 - 379
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C4 - 379
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D4 - 379

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る