+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fzr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of SsfS6, Streptomyces sp. SF2575 glycosyltransferase | ||||||
要素 | SsfS6 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NATPRO / Glycosyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces sp. SF2575 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.397 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, F. / Zhou, M. / Singh, S. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2013 タイトル: Crystal structure of SsfS6, the putative C-glycosyltransferase involved in SF2575 biosynthesis. 著者: Wang, F. / Zhou, M. / Singh, S. / Yennamalli, R.M. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips, G.N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fzr.cif.gz | 80.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4fzr.ent.gz | 62.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fzr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4fzr_validation.pdf.gz | 427.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4fzr_full_validation.pdf.gz | 435.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4fzr_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4fzr_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/4fzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/4fzr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43225.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces sp. SF2575 (バクテリア) 遺伝子: ssfS6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6MSX4 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: Protein Solution (11.4 mg/ml SsfS6 protein, 50mM Tris pH 8.0) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.13~1.40 M Sodium phosphate monobasic monohydrate / Potassium phosphate dibasic, pH ...詳細: Protein Solution (11.4 mg/ml SsfS6 protein, 50mM Tris pH 8.0) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.13~1.40 M Sodium phosphate monobasic monohydrate / Potassium phosphate dibasic, pH 8.2) Cryoprotected with 100% Paratone-N, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 19209 / Num. obs: 19017 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 70.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 0.923 / Net I/σ(I): 8.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.397→30.763 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.48 / FOM work R set: 0.7525 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 133.15 Å2 / Biso mean: 39.7201 Å2 / Biso min: 6.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.397→30.763 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
|