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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fgp | ||||||
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タイトル | Legionella pneumophila LapG (EGTA-treated) | ||||||
要素 | Periplasmic proteinペリプラズム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / DUF920 / protease (プロテアーゼ) / calcium binding (カルシウム) | ||||||
機能・相同性 | Transglutaminase-like cysteine peptidase, predicted / Bacterial transglutaminase-like cysteine proteinase BTLCP / C8orf32 fold - #30 / C8orf32 fold / Roll / metal ion binding / Alpha Beta / Periplasmic protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å | ||||||
データ登録者 | Chatterjee, D. / Boyd, C.D. / O'Toole, G.A. / Sondermann, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2012 タイトル: Structural characterization of a conserved, calcium-dependent periplasmic protease from Legionella pneumophila. 著者: Chatterjee, D. / Boyd, C.D. / O'Toole, G.A. / Sondermann, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fgp.cif.gz | 166.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fgp.ent.gz | 132.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fgp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/4fgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/4fgp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21590.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) 株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg0828 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZXA4 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.97 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.14 M Ammonium Tartrate dibasic, 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9771 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月4日 |
放射 | モノクロメーター: Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9771 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→50 Å / Num. all: 47687 / Num. obs: 45446 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.79 Å / % possible all: 69.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→47.766 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.869 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→47.766 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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