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- PDB-4fdt: Crystal Structure of a Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fdt
タイトルCrystal Structure of a Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatase
要素Putative multiple inositol polyphosphate histidine phosphatase 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Phosphatase (ホスファターゼ)
機能・相同性Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / リン酸塩 / Multiple inositol polyphosphate histidine phosphatase 1
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Li, A.W.H. / Hemmings, A.M.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: A Bacterial Homolog of a Eukaryotic Inositol Phosphate Signaling Enzyme Mediates Cross-kingdom Dialog in the Mammalian Gut.
著者: Stentz, R. / Osborne, S. / Horn, N. / Li, A.W. / Hautefort, I. / Bongaerts, R. / Rouyer, M. / Bailey, P. / Shears, S.B. / Hemmings, A.M. / Brearley, C.A. / Carding, S.R.
履歴
登録2012年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative multiple inositol polyphosphate histidine phosphatase 1
B: Putative multiple inositol polyphosphate histidine phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7216
ポリマ－98,4072
非ポリマー3144
水8,125451
1
A: Putative multiple inositol polyphosphate histidine phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3603
ポリマ－49,2031
非ポリマー1572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative multiple inositol polyphosphate histidine phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3603
ポリマ－49,2031
非ポリマー1572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.720, 120.640, 76.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative multiple inositol polyphosphate histidine phosphatase 1


分子量: 49203.426 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-425 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_4744 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q89YI8
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 0.2M Ammonium acetate, pH5.0, 18% PEG 3350, Protein 1mg/ml, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→62.07 Å / Num. all: 65891 / Num. obs: 65891 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.9301→1.999 Å / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.93→60.32 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2131 3171 5.08 %RANDOM
Rwork0.1657 ---
all0.168 62399 --
obs0.168 62399 91.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3784 Å2-0 Å2-2.6626 Å2
2--3.6572 Å2-0 Å2
3----1.7575 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→60.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6474 0 18 451 6943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076955
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9769472
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0742702
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661016
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9301-1.9990.28182930.23495266X-RAY DIFFRACTION82
1.999-2.07910.28583200.21255488X-RAY DIFFRACTION86
2.0791-2.17370.25033040.18885732X-RAY DIFFRACTION89
2.1737-2.28830.22352900.17335851X-RAY DIFFRACTION91
2.2883-2.43170.24163240.16695865X-RAY DIFFRACTION92
2.4317-2.61940.21463220.166055X-RAY DIFFRACTION94
2.6194-2.8830.24323340.16866112X-RAY DIFFRACTION96
2.883-3.30020.22043290.16516201X-RAY DIFFRACTION96
3.3002-4.15780.183390.14796261X-RAY DIFFRACTION97
4.1578-60.34950.18113160.1576397X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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