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- PDB-3quf: The structure of a family 1 extracellular solute-binding protein ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3quf | ||||||
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Title | The structure of a family 1 extracellular solute-binding protein from Bifidobacterium longum subsp. infantis | ||||||
![]() | Extracellular solute-binding protein, family 1 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuff, M.E. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: The structure of a family 1 extracellular solute-binding protein from Bifidobacterium longum subsp. infantis Authors: Cuff, M.E. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 343 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 288.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Details | THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. |
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Components
#1: Protein | Mass: 45734.715 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 15697 / Gene: Blon_0375 / Plasmid: modified p11 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 38.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.1M sodium acetate pH 4.6, 2.5M ammonium sulfate, 1/10 papain, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 11, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 4.6 % / Av σ(I) over netI: 27.81 / Number: 434178 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 2.14 / D res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 95082 / % possible obs: 98.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. all: 95082 / Num. obs: 95082 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 2.144 / Net I/σ(I): 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.415 / FOM acentric: 0.428 / FOM centric: 0.222 / Reflection: 79496 / Reflection acentric: 74507 / Reflection centric: 4989 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | Highest resolution: 1.7 Å / Lowest resolution: 50 Å
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site | Atom type symbol: Se
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 79496 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.3 Å2 / Biso mean: 24.077 Å2 / Biso min: 4.95 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→48.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.702→1.747 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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