PDB-4fdk: F78L Tt H-NOX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fdk

タイトル

F78L Tt H-NOX

要素

Methyl-accepting chemotaxis protein

Methyl-accepting chemotaxis proteins

キーワード

SIGNALING PROTEIN / O2-sensor

機能・相同性

機能・相同性情報

heme binding /

シグナル伝達 /

生体膜 /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Weinert, E.E. / Phillips-Piro, C.M. / Marletta, M.A.

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2013
タイトル: Porphyrin pi-stacking in a heme protein scaffold tunes gas ligand affinity.
著者: Weinert, E.E. / Phillips-Piro, C.M. / Marletta, M.A.

履歴

登録	2012年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fdk.cif.gz	249.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fdk.ent.gz	207.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fdk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/4fdk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/4fdk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u55S 1u4h 1u56 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1u4h-1 3tf1-1 3tf0-2 1u4h-2 1u55-1 1u56-1 3lai-2 3eee-1 3eee-2 5jrv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (4)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (4)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

B: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

45.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.552, 127.426, 42.935
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis protein / Methyl-accepting chemotaxis proteins / H-NOX protein 分子量: 22013.484 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-188 / 変異: F78L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア) 株: DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4 / 遺伝子: Tar4, TTE0680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RBX6
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 0.2 M sodium citrate, pH 4.4, 25% w/v PEG3350, 25 mg/mL protein in 20 mM TEA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月11日
放射	モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 26664 / Num. obs: 26525 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / R_sym value: 0.414 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
PHASER		位相決定
ELVES		精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U55 CHAIN A

1u55

解像度: 2.1→49.971 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2309	1334	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1696	-	-	-
obs	0.1728	26525	99.67 %	-
all	-	26664	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.239 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.9025 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.6214 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.7189 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.971 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3096	0	90	280	3466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	3289
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.392	4447
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.6	1261
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	457
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	558

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1751	0.3295	118	0.23	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2622	0.2455	126	0.1868	2471	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2622-2.3651	0.2012	147	0.1747	2463	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3651-2.4898	0.3222	128	0.1826	2483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4898-2.6458	0.2665	129	0.1886	2498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6458-2.8501	0.2587	131	0.1827	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8501-3.1368	0.2498	143	0.1694	2489	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1368-3.5906	0.2265	138	0.1677	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5906-4.5234	0.2113	130	0.1414	2546	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5234-49.9853	0.2061	144	0.1727	2666	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0972	-0.0434	-0.1125	0.012	0.0454	0.1167	-0.1464	-0.252	-0.1295	-0.1495	0.096	-0.1049	-0.2558	-0.1096	-0.0004	0.2746	0.0026	0.0712	0.2691	-0.0422	0.2785	12.2172	20.6014	19.8427
2	0.0083	-0.0066	-0.0098	0.0311	0.0311	0.0315	-0.1485	-0.4913	-0.0388	0.0456	0.2213	0.1181	-0.114	-0.1887	-0.0003	0.3321	0.0133	0.0529	0.3756	-0.0045	0.244	3.0631	17.9122	27.663
3	0.462	0.1767	-0.1822	0.1079	0.0083	0.2017	0.319	-0.5418	1.1893	0.216	0.194	0.0249	-0.2997	-0.2246	0.0068	0.4649	-0.0429	0.1258	0.413	-0.07	0.5276	12.6061	26.9764	28.5228
4	0.9607	-0.0315	0.1816	0.1075	0.0472	0.2307	-0.2474	-0.3895	-0.8706	0.5036	0.0175	-0.0255	0.4157	0.2461	-0.0105	0.3696	-0.0166	0.1019	0.385	0.0797	0.3477	11.0981	11.5657	28.0017
5	0.2004	-0.0325	-0.125	0.0182	0.0274	0.0808	-0.0383	0.1562	-0.2152	-0.1121	0.1301	0.1272	0.1003	-0.023	0	0.2313	0.0019	0.0873	0.2523	0.0169	0.2892	13.8836	15.5984	14.3814
6	0.0613	0.0191	0.0071	0.0498	-0.0388	0.0356	0.0721	-0.1446	0.0383	-0.3674	-0.2599	0.1072	-0.1518	0.0459	0.0003	0.5375	-0.0966	0.0321	0.3697	0.0257	0.2863	21.4158	26.5808	4.8509
7	0.261	-0.2929	-0.0506	0.3244	0.0522	0.0082	-0.0221	0.2711	0.1818	-0.2487	0.0497	-0.7492	-0.0756	0.3559	-0.0427	0.3408	-0.0271	0.1167	0.2367	-0.0255	0.3511	28.8723	22.8437	10.6884
8	0.4698	0.0744	-0.2486	0.5009	0.0822	0.162	-0.2765	-0.2478	-0.2113	0.4535	0.0685	-0.5139	0.1118	0.1498	-0.0513	0.3251	0.0213	-0.0432	0.267	-0.0408	0.224	31.2644	24.4948	21.9761
9	0.1106	-0.157	0.0435	0.4005	-0.0031	0.0433	-0.219	0.0526	-0.5523	0.0549	0.1509	-0.4133	0.2102	0.0496	-0.0727	0.3018	-0.0234	0.1736	0.2917	-0.0275	0.3569	31.5584	11.766	11.9429
10	0.0839	-0.1139	0.1571	0.6761	-0.1296	0.5457	-0.138	0.0852	-0.3022	-0.0059	-0.2571	0.0495	-0.0794	-0.2655	-0.1584	0.2737	-0.0188	0.123	0.301	-0.0514	0.2481	20.0588	13.0802	10.1246
11	0.7675	0.083	-0.4375	0.1362	-0.0032	0.2705	-0.3312	0.2487	-0.4953	0.0714	0.0523	-0.3981	-0.1228	-0.2766	-0.123	0.3215	0.0187	0.0983	0.2642	-0.0773	0.4861	27.1505	6.0936	9.9839
12	0.198	0.1042	-0.1108	0.1849	-0.0443	0.0596	0.074	-0.1674	-0.0168	0.1655	-0.0018	-0.6365	0.0835	0.3797	0.0044	0.3369	-0.0243	0.0407	0.2912	-0.035	0.4621	31.8384	8.523	13.0705
13	0.0053	-0.0398	0.0429	0.3736	-0.4036	0.4321	0.1032	-0.0656	0.3268	-0.0745	0.322	-0.1672	-0.4504	-0.1017	1.0809	0.4944	-0.5146	0.6791	0.7549	-0.2342	0.4806	37.5249	15.3298	-5.2422
14	0.1885	-0.0997	-0.1678	0.106	0.0141	0.1895	-0.2314	-0.5709	0.0457	0.2254	0.1238	0.1066	0.2963	0.4989	-0.0006	0.3588	0.0711	-0.0499	0.3418	-0.0274	0.254	33.13	45.1658	30.9814
15	0.0797	0.075	-0.0027	0.0688	0.0157	0.0453	-0.1447	-0.2908	-0.3058	0.5446	0.0435	-0.1329	0.7843	0.5846	0.0002	0.8246	0.0591	0.1215	0.7555	0.0312	0.4289	28.6491	38.8913	38.1457
16	0.6943	-0.0706	0.166	0.9074	-0.4807	0.2806	-0.2754	-0.5005	0.6585	0.9226	0.2797	-0.3619	-0.4308	-0.1888	0.0545	0.477	0.061	-0.1126	0.4654	-0.1506	0.4293	31.0889	53.7355	35.5649
17	0.4567	-0.205	-0.3026	0.3019	-0.062	0.3323	-0.1724	0.2071	-0.0407	-0.0306	-0.1277	0.0648	0.0749	-0.1444	-0.0087	0.2352	0.0047	-0.0083	0.2267	-0.1022	0.3171	25.2669	44.8139	19.8799
18	0.4762	0.0246	-0.0004	0.5836	0.2622	0.1175	0.0163	-0.0106	-0.5721	-0.0775	-0.2477	0.7289	0.235	-0.4782	-0.0965	0.2622	-0.036	-0.0148	0.2805	-0.0566	0.5059	12.2953	41.47	19.927
19	0.9699	-0.2581	-0.6559	0.874	0.8976	1.1138	-0.3993	-0.1359	-0.3418	0.1604	-0.0456	0.623	0.6476	-0.439	-0.4844	0.3726	-0.0047	0.0678	0.3662	-0.0473	0.4326	9.0341	45.2942	25.1326
20	0.3926	-0.2771	-0.0257	0.3767	-0.0662	0.0705	-0.2494	0.2463	0.1271	-0.064	-0.0782	0.3274	0.0114	0.0486	-0.0051	0.2628	0.0141	-0.053	0.2961	-0.0427	0.2653	17.1292	52.1048	19.7128
21	0.4337	0.0732	0.0715	0.573	-0.0642	0.0224	-0.0727	-0.0715	0.0431	-0.1382	-0.1902	0.5155	0.0578	0.2187	-0.0251	0.3628	0.1102	-0.0337	0.4391	0.0074	0.3153	13.0172	57.5614	18.8105
22	0.1895	0.0088	-0.0975	0.8138	-0.1362	0.0739	0.0725	0.0393	-0.091	-0.0795	0.1055	0.1042	0.1562	0.5562	0.1034	0.6291	0.362	-0.2592	1.0065	-0.1609	0.4448	4.747	48.2483	2.6597

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:17)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 18:29)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 30:44)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 45:62)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 63:81)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 82:90)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 91:106)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 107:118)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 119:137)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 138:152)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resseq 153:166)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resseq 167:178)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resseq 179:188)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 1:28)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 29:44)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 45:62)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 63:90)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 91:107)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resseq 108:123)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resseq 124:152)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resseq 153:178)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resseq 179:188)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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