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万見
- PDB-4exo: Revised, rerefined crystal structure of PDB entry 2QHK, methyl ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4exo
タイトルRevised, rerefined crystal structure of PDB entry 2QHK, methyl accepting chemotaxis protein
要素Methyl-accepting chemotaxis proteinMethyl-accepting chemotaxis proteins
キーワードSIGNALING PROTEIN / chemotaxis receptor / PAS domain / four helix bundle / methyl accepting chemotaxis receptor / periplasmic domain (ペリプラズム)
機能・相同性
機能・相同性情報


走化性 / シグナル伝達 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Single Cache domain 2 / Single Cache domain 2 / Cache_2 / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain ...Single Cache domain 2 / Single Cache domain 2 / Cache_2 / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS domain / Β-ラクタマーゼ / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ピルビン酸 / Methyl-accepting chemotaxis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sweeney, E.G. / Henderson, J.N. / Goers, J. / Wreden, C. / Hicks, K.G. / Foster, J.K. / Parthasarathy, R. / Remington, S.J. / Guillemin, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the methyl-accepting chemotaxis protein from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
著者: Zhang, R. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2
Remark 0THIS ENTRY 4EXO REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN R2QHKSF ORIGINAL DATA ...THIS ENTRY 4EXO REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN R2QHKSF ORIGINAL DATA DETERMINED BY AUTHOR:ZHANG, R., LI, H., CLANCY, S., JOACHIMIAK, A., MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS (MCSG)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7412
ポリマ－16,6531
非ポリマー881
水3,999222
1
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子

A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4834
ポリマ－33,3072
非ポリマー1762
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area1920 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.268, 112.268, 62.731
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-339-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein / Methyl-accepting chemotaxis proteins


分子量: 16653.252 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal periplasmic domain, UNP residues 38-183 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
株: RIMD 2210633 / 遺伝子: GI:28896957, VP0183 / プラスミド: PDM68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q87T87
#2: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸 / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.55 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 2QHK

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QHK

2qhk


解像度: 1.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 2.293 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2061 784 5 %RANDOM
Rwork0.1564 ---
obs0.1588 15778 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.11 Å2 / Biso mean: 29.102 Å2 / Biso min: 15.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1160 0 6 222 1388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4241.9641642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1595151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.88925.26357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.33715218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.737154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9151.5736
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6821175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4913479
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1134.5466
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.957 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 56 -
Rwork0.19 1010 -
all-1066 -
obs--93.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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