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万見
- PDB-4ehy: Crystal structure of LpxK from Aquifex aeolicus in complex with A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ehy
タイトルCrystal structure of LpxK from Aquifex aeolicus in complex with ADP/Mg2+ at 2.2 angstrom resolution
要素Tetraacyldisaccharide 4'-kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / membrane protein (膜タンパク質) / kinase (キナーゼ) / lipid A (リピドA) / P-loop (Walkerモチーフ) / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / disaccharide-1-phosphate 4'-kinase / membrane (生体膜) / lipid metabolism (脂質代謝) / tetraacyldisaccharide 4'-kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


tetraacyldisaccharide 4'-kinase / tetraacyldisaccharide 4'-kinase activity / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / リン酸化 / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Tetraacyldisaccharide 4'-kinase / Tetraacyldisaccharide-1-P 4'-kinase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Tetraacyldisaccharide 4'-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Emptage, R.P. / Daughtry, K.D. / Pemble IV, C.W. / Raetz, C.R.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of LpxK, the 4'-kinase of lipid A biosynthesis and atypical P-loop kinase functioning at the membrane interface.
著者: Emptage, R.P. / Daughtry, K.D. / Pemble, C.W. / Raetz, C.R.
履歴
登録2012年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetraacyldisaccharide 4'-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3617
ポリマ－36,5981
非ポリマー7636
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.110, 75.610, 104.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Tetraacyldisaccharide 4'-kinase / / Lipid A 4'-kinase


分子量: 36597.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: aq_1656, lpxK / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: O67572, tetraacyldisaccharide 4'-kinase

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非ポリマー , 5種, 73分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: シッティングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: The reservoir solution contained 60% MPD and 0.1 M Hepes pH 7.5. The drop contained 20% seed stock, ~1 mg/ml protein, 48% MPD, 80 mM Hepes pH 7.5, 4 mM Hepes pH 8.0, 130 mM NaCl, 3.4% ...詳細: The reservoir solution contained 60% MPD and 0.1 M Hepes pH 7.5. The drop contained 20% seed stock, ~1 mg/ml protein, 48% MPD, 80 mM Hepes pH 7.5, 4 mM Hepes pH 8.0, 130 mM NaCl, 3.4% glycerol, ~0.06% DDM, 1.8 mM ATP, 1.8 mM MgCl2, sutting drop, vapor diffusion, temperature 293K, sitting drop, vapor diffusion

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.199→50 Å / Num. all: 26821 / Num. obs: 26285 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.351 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.199-2.243.60.43411510.837186.9
2.24-2.283.90.39911830.91190.4
2.28-2.3240.36612750.887195
2.32-2.374.40.33712900.882199.1
2.37-2.424.60.28113060.852199.3
2.42-2.484.80.23813200.881100
2.48-2.544.90.20413200.8971100
2.54-2.614.90.17113320.8341100
2.61-2.6950.14113240.8781100
2.69-2.7750.12213140.8781100
2.77-2.874.90.0913320.946199.9
2.87-2.9950.07413191.016199.8
2.99-3.124.90.06813431.27199.9
3.12-3.294.90.05313271.268199.8
3.29-3.494.90.05113341.558199.7
3.49-3.764.90.0513531.998199.7
3.76-4.144.80.0513442.529199.3
4.14-4.744.80.0413572.874199
4.74-5.974.80.03413662.171198.6
5.97-504.50.02813952.087194.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å44.59 Å
Translation2.5 Å44.59 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EHX

4ehx


解像度: 2.199→28.401 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 22.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2132 1999 8.13 %
Rwork0.1779 --
obs0.1808 24602 91.73 %
all-26285 -
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.768 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 170.39 Å2 / Biso mean: 65.3908 Å2 / Biso min: 24.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2843 Å20 Å2-0 Å2
2--11.4845 Å20 Å2
3----11.2002 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.199→28.401 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2520 0 47 67 2634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082626
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1573535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2991010
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.199-2.25390.28651020.24971156125866
2.2539-2.31480.30291220.22851373149579
2.3148-2.38290.24841320.21081494162686
2.3829-2.45980.27181360.19941536167289
2.4598-2.54760.24881400.18721587172791
2.5476-2.64960.25771430.19171612175593
2.6496-2.77010.24851450.18561646179195
2.7701-2.9160.23691510.19051692184396
2.916-3.09840.2531480.19081680182897
3.0984-3.33730.23931530.17621735188898
3.3373-3.67260.20871550.17061746190199
3.6726-4.20250.20841540.15761751190599
4.2025-5.28910.17061580.15331774193299
5.2891-28.40370.19871600.19431821198196
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9625-0.30650.01290.7483-0.13580.02780.07880.38130.1578-0.1065-0.23380.4033-0.63260.0923-0.30310.65460.0305-0.08670.29470.12270.38994.54621.6629-21.6509
21.8003-0.0568-0.36861.3960.68374.81010.1438-0.5056-0.14230.03150.0724-0.20350.14671.1367-0.08150.34830.055-0.03970.53060.01960.40616.2098-12.4775-10.0093
31.6606-0.30990.94971.6208-0.55153.82720.0085-0.23850.0825-0.02570.08630.357-0.235-0.7171-0.07940.27150.03370.00730.35920.03020.4420.3911-6.1478-5.8146
42.03150.44380.98261.7307-0.16095.0108-0.0226-0.5670.01480.26430.17140.1946-0.2141-0.1783-0.06310.2797-0.00110.04750.39940.0030.34677.288-6.85525.7498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 8:50)A8 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 51:130)A51 - 130
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 131:228)A131 - 228
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 229:315)A229 - 315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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