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- PDB-4eev: Crystal structure of c-Met in complex with LY2801653 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eev
タイトルCrystal structure of c-Met in complex with LY2801653
要素Hepatocyte growth factor receptorC-Met
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein tyrosine kinase (プロテインチロシンキナーゼ) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatocyte growth factor receptor activity / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / endothelial cell morphogenesis / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / semaphorin receptor activity / positive regulation of endothelial cell chemotaxis ...hepatocyte growth factor receptor activity / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / endothelial cell morphogenesis / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / semaphorin receptor activity / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / MET receptor recycling / 膵臓 / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / MET activates PI3K/AKT signaling / negative regulation of stress fiber assembly / negative regulation of Rho protein signal transduction / MET activates PTK2 signaling / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive chemotaxis / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / establishment of skin barrier / MET activates RAS signaling / 食作用 / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / positive regulation of microtubule polymerization / basal plasma membrane / negative regulation of autophagy / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / liver development / molecular function activator activity / Negative regulation of MET activity / 受容体型チロシンキナーゼ / neuron differentiation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / 遊走 / PIP3 activates AKT signaling / nervous system development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / リン酸化 / 細胞膜 / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain ...Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Immunoglobulin E-set / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L1X / Hepatocyte growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wang, Y. / Stout, S.L.
引用ジャーナル: Invest New Drugs / 年: 2013
タイトル: LY2801653 is an orally bioavailable multi-kinase inhibitor with potent activity against MET, MST1R, and other oncoproteins, and displays anti-tumor activities in mouse xenograft models.
著者: Yan, S.B. / Peek, V.L. / Ajamie, R. / Buchanan, S.G. / Graff, J.R. / Heidler, S.A. / Hui, Y.H. / Huss, K.L. / Konicek, B.W. / Manro, J.R. / Shih, C. / Stewart, J.A. / Stewart, T.R. / Stout, S. ...著者: Yan, S.B. / Peek, V.L. / Ajamie, R. / Buchanan, S.G. / Graff, J.R. / Heidler, S.A. / Hui, Y.H. / Huss, K.L. / Konicek, B.W. / Manro, J.R. / Shih, C. / Stewart, J.A. / Stewart, T.R. / Stout, S.L. / Uhlik, M.T. / Um, S.L. / Wang, Y. / Wu, W. / Yan, L. / Yang, W.J. / Zhong, B. / Walgren, R.A.
履歴
登録2012年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4862
ポリマ－35,9341
非ポリマー5531
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.508, 63.886, 111.631
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hepatocyte growth factor receptor / C-Met / HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / ...HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / Tyrosine-protein kinase Met


分子量: 35933.578 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain (unp residues 1038-1346) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08581, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-L1X / N-(3-fluoro-4-{[1-methyl-6-(1H-pyrazol-4-yl)-1H-indazol-5-yl]oxy}phenyl)-1-(4-fluorophenyl)-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide / LY-2801653 / Merestinib


分子量: 552.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H22F2N6O3 / コメント: 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 16% PEG 10.000, 0.1 M HEPES, and 5% ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.511→19.94 Å / Num. all: 46378 / Num. obs: 45914 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.06 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.51-1.598.50.15321262586.01794.2
1.59-1.699.60.36088663322.29999.7
1.69-1.89.70.55714959171.25399.8
1.8-1.959.61.35369755690.54799.9
1.95-2.139.734960251220.23999.9
2.13-2.399.75.64512346730.129100
2.39-2.769.68.23990941360.082100
2.76-3.389.6103398335560.058100
3.38-4.779.312.32571927650.04899.8
4.77-19.9298.412.81334815860.04597

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA2.7.2データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.2404 / WRfactor Rwork: 0.2049 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8562 / SU B: 2.757 / SU ML: 0.086 / SU R Cruickshank DPI: 0.132 / SU Rfree: 0.1197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2153 1388 5 %RANDOM
Rwork0.1889 ---
all0.1903 27636 --
obs0.1903 27552 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.56 Å2 / Biso mean: 37.2593 Å2 / Biso min: 19.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å20 Å20 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----2.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2206 0 41 125 2372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192346
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5881.9863198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97333817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1935293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.66823.59689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.69615394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9981510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02463
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 97 -
Rwork0.234 1924 -
all-2021 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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