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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4eej | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Q108K:K40L:T51V:T53C:Y19W:R58W:T29L:Q4R Mutant of Cellular Retinol Binding Protein Type II in Complex with All-trans-Retinal at 1.5 Angstrom Resolution | ||||||
要素 | Retinol-binding protein 2 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / retinal complex (レチナール) / beta barrel (Βバレル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / retinol binding / epidermis development / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / fatty acid binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.501 Å | ||||||
データ登録者 | Nossoni, Z. / Geiger, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2012 タイトル: Tuning the electronic absorption of protein-embedded all-trans-retinal. 著者: Wang, W. / Nossoni, Z. / Berbasova, T. / Watson, C.T. / Yapici, I. / Lee, K.S. / Vasileiou, C. / Geiger, J.H. / Borhan, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4eej.cif.gz | 77.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4eej.ent.gz | 57.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4eej.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/4eej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/4eej | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15675.718 Da / 分子数: 2 / 変異: Q108K:K40L:T51V:T53C:Y19W:R58W:T29L:Q4R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP2, CRBP2 / プラスミド: pET17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50120 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.02 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization / pH: 4.6 詳細: 40% PEG4000, 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, 0.1 M ammonium acetate, EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1272 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Kohzu Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1272 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.501→32.36 Å / Num. all: 39769 / Num. obs: 39769 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2RCQ 解像度: 1.501→32.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.207 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.834 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.501→32.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
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