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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e8t | ||||||
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タイトル | Structure of Oceanobacillus iheyensis group II intron in the presence of K+, Ca2+ and an oligonucleotide fragment substrate (low energy dataset) | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA (リボ核酸) / ribozyme (リボザイム) / metalloenzyme (金属タンパク質) / self-splicing / retrotransposition (トランスポゾン) | ||||||
機能・相同性 | : / スペルミン / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Oceanobacillus iheyensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å | ||||||
データ登録者 | Marcia, M. / Pyle, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012 タイトル: Visualizing Group II Intron Catalysis through the Stages of Splicing. 著者: Marcia, M. / Pyle, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4e8t.cif.gz | 451 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4e8t.ent.gz | 364.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4e8t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/4e8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/4e8t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4e8kC 4e8mC 4e8nC 4e8pC 4e8qC 4e8rC 4e8vC 4faqC 4farC 4fauC 4fawC 4faxC 4fb0C 3igiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 127646.586 Da / 分子数: 1 / 断片: domains 1-5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription / 由来: (合成) Oceanobacillus iheyensis (バクテリア) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 2473.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide |
-非ポリマー , 5種, 87分子
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-EPE / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.51 % |
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結晶化 | 温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM potassium acetate, 100 mM potassium chloride, 100 mM calcium chloride, 50 mM HEPES sodium, pH 7.0, 5% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.6083 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月29日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.6083 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.34→48.612 Å / Num. obs: 27121 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.34→3.42 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.754 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3IGI 解像度: 3.34→48.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 39.175 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.452 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 120.704 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.34→48.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.34→3.426 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -25.033 Å / Origin y: 8.801 Å / Origin z: -25.395 Å
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