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万見
- PDB-4e71: Crystal structure of the RHO GTPASE binding domain of Plexin B2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4.0E+71
タイトルCrystal structure of the RHO GTPASE binding domain of Plexin B2
要素Plexin-B2
キーワードSIGNALING PROTEIN / plexin / transmembrane / signaling / rbd / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / excitatory synapse assembly / regulation of neuron migration / semaphorin receptor complex / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / positive regulation of axonogenesis / regulation of GTPase activity / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / plasma membrane => GO:0005886 ...semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / excitatory synapse assembly / regulation of neuron migration / semaphorin receptor complex / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / positive regulation of axonogenesis / regulation of GTPase activity / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / plasma membrane => GO:0005886 / semaphorin-plexin signaling pathway / neuroblast proliferation / regulation of cell migration / neural tube closure / positive regulation of translation / regulation of protein phosphorylation / brain development / positive regulation of neuron projection development / regulation of cell shape / cell surface / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain ...Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Guan, X. / Wang, H. / Tempel, W. / Tong, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the RHO GTPASE binding domain of Plexin B2
著者: Guan, X. / Wang, H. / Tempel, W. / Tong, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H.
履歴
登録2012年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plexin-B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3732
ポリマ－12,3501
非ポリマー231
水1629
1
A: Plexin-B2
ヘテロ分子

A: Plexin-B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7464
ポリマ－24,7002
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
Buried area1230 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.380, 48.380, 157.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1601-

NA

詳細BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN AS PER AUTHORS

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要素

#1: タンパク質 Plexin-B2 / MM1


分子量: 12350.050 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1452-1562 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLXNB2, KIAA0315 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: O15031
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.6
詳細: 2.5M sodium formate, 0.1M glycine, pH 9.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 5712 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.6 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.915 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.26-2.3210.9992740.961100
2.3-2.3420.60.8082651.0111100
2.34-2.39210.8112771.0131100
2.39-2.4320.40.7842770.9881100
2.43-2.4920.90.6552671.0411100
2.49-2.5520.90.5492831.0821100
2.55-2.6120.60.3962721.1141100
2.61-2.6820.40.3322821.1531100
2.68-2.7620.50.2752591.1761100
2.76-2.8520.60.2432921.2241100
2.85-2.9520.60.1712671.384199.3
2.95-3.07200.1482891.554199.7
3.07-3.2120.40.132811.7571100
3.21-3.38200.1082852.2881100
3.38-3.5919.40.0972852.7881100
3.59-3.8619.30.0892902.9691100
3.86-4.2518.60.0722973.5381100
4.25-4.8717.70.0653073.8131100
4.87-6.13170.073143.8331100
6.13-5014.20.0643494.294196.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2R2O

2r2o


解像度: 2.26→32.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9285 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9208 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: ANISOTROPY IN RESOLUTION LIMITS OF DIFFRACTION WAS OBSERVED. APPEARANCE OF ELECTRON DENSITY MAPS IS POOR GIVEN THE HIGH RESOLUTION LIMIT OF DIFFRACTION DATA. AVERAGE ATOMIC B-FACTOR ...詳細: ANISOTROPY IN RESOLUTION LIMITS OF DIFFRACTION WAS OBSERVED. APPEARANCE OF ELECTRON DENSITY MAPS IS POOR GIVEN THE HIGH RESOLUTION LIMIT OF DIFFRACTION DATA. AVERAGE ATOMIC B-FACTOR SIGNIFICANTLY EXCEEDS VALUE DERIVED FROM WILSON PLOT. DENSITY FOR SOME PROTEIN LOOPS IS NOT INTERPRETABLE IN TERMS OF GOOD PEPTIDE GEOMETRY. UNMERGED REFLECTION INTENSITIES ARE INCLUDED IN ADDITION TO STRUCTURE FACTORS FROM LAST REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2853 254 4.5 %RANDOM
Rwork0.2441 ---
obs0.2459 5645 99.88 %-
原子変位パラメータBiso max: 152.4 Å2 / Biso mean: 72.5111 Å2 / Biso min: 38.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.0156 Å20 Å20 Å2
2---5.0156 Å20 Å2
3---10.0312 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.497 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→32.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数650 0 1 9 660
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d210SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes16HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes92HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it655HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion99SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact721SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d655HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg896HARMONIC21.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.03
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.53 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 78 5.06 %
Rwork0.2081 1464 -
all0.2098 1542 -
obs--99.88 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.3709 Å / Origin y: 15.5125 Å / Origin z: 2.0833 Å
111213212223313233
T0.0115 Å20.0967 Å20.059 Å2-0.1855 Å20.2069 Å2---0.0658 Å2
L9.4369 °23.3919 °2-2.9905 °2-6.3021 °2-5.4746 °2--7.8396 °2
S-0.0884 Å °0.7336 Å °0.2369 Å °-0.6255 Å °0.0839 Å °0.2001 Å °0.7194 Å °0.1274 Å °0.0045 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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