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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e2c | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the periplasmic domain of the chimeric LPS O-antigen chain length regulator protein | ||||||
要素 | chimeric WzzB Chain length determinant protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Chimeric polysaccharide co-polymerase / Bacterial inner membrane | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipopolysaccharide biosynthetic process / protein tyrosine kinase activity / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kalynych, S. / Yao, D. / Magee, J.D. / Cygler, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Structural Characterization of Closely Related O-antigen Lipopolysaccharide (LPS) Chain Length Regulators. 著者: Kalynych, S. / Yao, D. / Magee, J. / Cygler, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4e2c.cif.gz | 252.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4e2c.ent.gz | 210.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4e2c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/4e2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/4e2c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27738.133 Da / 分子数: 2 / 断片: Periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌), (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 遺伝子: cld, rol, S2210, SF2089, wzzB, STM2079 / プラスミド: pF04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37792, UniProt: Q04866 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.57 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2.0M Sodium Citrate, 5% w/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2010年5月28日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 7.9 % / Av σ(I) over netI: 43.99 / 数: 151373 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.93 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 19253 / % possible obs: 99.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 23646 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 12.2 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.926 / Net I/σ(I): 19.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→42.5 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso max: 156.14 Å2 / Biso mean: 30.7549 Å2 / Biso min: 3.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.5 Å
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拘束条件 |
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