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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e1k | ||||||
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タイトル | GlmU in complex with a Quinazoline Compound | ||||||
要素 | Bifunctional protein GlmU | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / peptidoglycan synthesis (ペプチドグリカン) / cell shape / metal-binding / cell wall biogenesis/degradation / multifunctional enzyme / acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ) / uridyltransferase / Nucleotidyl transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / cell morphogenesis / regulation of cell shape ...glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / cell morphogenesis / regulation of cell shape / magnesium ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Larsen, N.A. / Doig, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012 タイトル: An aminoquinazoline inhibitor of the essential bacterial cell wall synthetic enzyme GlmU has a unique non-protein-kinase-like binding mode. 著者: Larsen, N.A. / Nash, T.J. / Morningstar, M. / Shapiro, A.B. / Joubran, C. / Blackett, C.J. / Patten, A.D. / Boriack-Sjodin, P.A. / Doig, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4e1k.cif.gz | 193.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4e1k.ent.gz | 154.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4e1k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/4e1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/4e1k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49346.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: glmU, HI_0642 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P43889, UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase, glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #4: 化合物 | ChemComp-0N5 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.2 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 1.6-1.8 M ammonium sulfate and 0.1 M MES pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→61.4 Å / Num. all: 46600 / Num. obs: 46480 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 62 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→54.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.103 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.673 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→54.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 15.648 Å / Origin y: 10.965 Å / Origin z: 72.421 Å
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精密化 TLSグループ |
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