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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dg0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of myristoylated WT catalytic subunit of cAMP-dependent protein kinase in complex with SP20 and AMP-PNP | ||||||
要素 | (cAMP-dependent protein kinase ...プロテインキナーゼA) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Protein kinase (プロテインキナーゼ) / myristoylated (ミリストイル化) / Phosphotransferase of Ser/Thr / Mg / PKI / PKA Regulatory subunits / phosphorylated on S139 / T197 / S338 / myristoylated on G1 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 spontaneous exocytosis of neurotransmitter / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / negative regulation of meiotic cell cycle / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / PKA activation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Regulation of insulin secretion ...spontaneous exocytosis of neurotransmitter / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / negative regulation of meiotic cell cycle / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / PKA activation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Regulation of insulin secretion / GPER1 signaling / Hedgehog 'off' state / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / RET signaling / Ion homeostasis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / nucleotide-activated protein kinase complex / regulation of cellular respiration / regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / プロテインキナーゼA / cellular response to cold / sperm capacitation / regulation of osteoblast differentiation / cAMP-dependent protein kinase activity / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / ciliary base / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of protein import into nucleus / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to glucagon stimulus / protein kinase A regulatory subunit binding / axoneme / protein kinase A catalytic subunit binding / plasma membrane raft / mesoderm formation / sperm flagellum / negative regulation of smoothened signaling pathway / regulation of proteasomal protein catabolic process / protein kinase A signaling / positive regulation of gluconeogenesis / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of TORC1 signaling / sperm midpiece / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein export from nucleus / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / neural tube closure / cellular response to glucose stimulus / modulation of chemical synaptic transmission / neuromuscular junction / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / 転写後修飾 / small GTPase binding / presynapse / cellular response to heat / manganese ion binding / postsynapse / peptidyl-serine phosphorylation / 樹状突起スパイン / regulation of cell cycle / protein kinase activity / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Bastidas, A.C. / Steichen, J.M. / Taylor, S.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012 タイトル: Role of N-terminal myristylation in the structure and regulation of cAMP-dependent protein kinase. 著者: Bastidas, A.C. / Deal, M.S. / Steichen, J.M. / Keshwani, M.M. / Guo, Y. / Taylor, S.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4dg0.cif.gz | 175.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4dg0.ent.gz | 145.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4dg0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/4dg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/4dg0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-CAMP-dependent protein kinase ... , 2種, 2分子 EI
#1: タンパク質 | 分子量: 40737.297 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 2-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prkaca, Pkaca / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05132, プロテインキナーゼA |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2199.386 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 6-25 / Mutation: N20A, A21S / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P63248 |
-非ポリマー , 4種, 348分子
#3: 化合物 | ChemComp-MYR / | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-ANP / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.11 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / pH: 8 詳細: Mother liquor: 10% MPD Protein solution: 50 mM Bicine, 150 mM Ammonium Acetate, 8-10 mg/mL 9% MeOH added to the well immediately before sealing. 8 uL drop size with 1:1 protein:mother liquor, ...詳細: Mother liquor: 10% MPD Protein solution: 50 mM Bicine, 150 mM Ammonium Acetate, 8-10 mg/mL 9% MeOH added to the well immediately before sealing. 8 uL drop size with 1:1 protein:mother liquor, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K, pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月13日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→39.37 Å / Num. obs: 31277 / % possible obs: 100 % / Rsym value: 0.114 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.387 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→39.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 8.302 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→39.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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