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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cqq | |||||||||
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タイトル | H5 (VN1194) Ser227Asn/Gln196Arg Mutant Haemagglutinin in Complex with Avian Receptor Analogue 3'SLN | |||||||||
要素 | (Hemagglutinin ...ヘマグルチニン) x 2 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SIALIC ACID (シアル酸) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / VIRUS RECEPTOR / AVIAN FLU (鳥インフルエンザ) / SIALYLLACTOSAMINE / 3SLN / 3'SLN / 6SLN / 6'SLN / LSTA | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | |||||||||
データ登録者 | Xiong, X. / Xiao, H. / Martin, S.R. / Coombs, P.J. / Liu, J. / Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Walker, P.A. / Lin, Y.P. / McCauley, J.W. ...Xiong, X. / Xiao, H. / Martin, S.R. / Coombs, P.J. / Liu, J. / Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Walker, P.A. / Lin, Y.P. / McCauley, J.W. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2014 タイトル: Enhanced Human Receptor Binding by H5 Haemagglutinins. 著者: Xiong, X. / Xiao, H. / Martin, S.R. / Coombs, P.J. / Liu, J. / Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Walker, P.A. / Lin, Y.P. / Mccauley, J.W. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cqq.cif.gz | 219.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cqq.ent.gz | 177.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cqq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/4cqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/4cqq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4cqpC 4cqrC 4cqsC 4cquC 4cqvC 4cqwC 4cqxC 4cqyC 4cqzC 4cr0C 5ajmC 4bgwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-Hemagglutinin ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 37006.852 Da / 分子数: 1 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 17-342 / 変異: S227N/Q196R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: HA / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q6DQ34 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 19097.990 Da / 分子数: 1 断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 347-512 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 参照: UniProt: Q6DQ34 |
-糖 , 5種, 6分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose |
#6: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#7: 糖 |
-非ポリマー , 2種, 98分子
#8: 化合物 | ChemComp-MPO / |
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#9: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
配列の詳細 | MULTIBASIC |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1 M HEPES/MOPS PH 7.0, 0.05 M MGCL2, 28-30% PEG 550 MME, SEEDED WITH CRUSHED WILD-TYPE VN1194 HA CRYSTALS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→37.7 Å / Num. obs: 29806 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4BGW 解像度: 2.55→150.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 18.991 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 87.509 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→150.81 Å
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拘束条件 |
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