+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cq4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | C-terminal fragment of Af1503-sol: transmembrane receptor Af1503 from Archaeoglobus fulgidus engineered for solubility | ||||||
要素 | ENGINEERED VERSION OF TRANSMEMBRANE RECEPTOR AF1503 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / HAMP DOMAIN / TWO COMPONENT SIGNAL TRANSDUCTION / TRANSMEMBRANE SIGNALLING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (アルカエオグロブス属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Hartmann, M.D. / Dunin-Horkawicz, S. / Hulko, M. / Martin, J. / Coles, M. / Lupas, A.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014 タイトル: A Soluble Mutant of the Transmembrane Receptor Af1503 Features Strong Changes in Coiled-Coil Periodicity. 著者: Hartmann, M.D. / Dunin-Horkawicz, S. / Hulko, M. / Martin, J. / Coles, M. / Lupas, A.N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cq4.cif.gz | 186 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4cq4.ent.gz | 144.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cq4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/4cq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/4cq4 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 3zrxS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34496.090 Da / 分子数: 4 断片: C-TERMINAL PROTEOLYTIC FRAGMENT WITH UNKNOWN CLEAVAGE SITE 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (アルカエオグロブス属) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O28769 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE STRUCTURE CONTAINS ONLY A C-TERMINAL PROTEOLYTIC FRAGMENT OF THE DEPOSITED SEQUENCE WITH ...THE STRUCTURE CONTAINS ONLY A C-TERMINAL PROTEOLYTI | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | 詳細: 25% (W/V) PEG 3350, 100 MM HEPES, PH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.85 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.85 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→37.7 Å / Num. obs: 43434 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.79 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3ZRX 解像度: 1.7→37.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.471 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES U VALUES
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.255 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.67 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|