[日本語] English
万見
- PDB-4co9: Crystal structure of kynurenine formamidase from Bacillus anthracis -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4co9
タイトルCrystal structure of kynurenine formamidase from Bacillus anthracis
要素KYNURENINE FORMAMIDASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / AEROBIC TRYPTOPHAN DEGRADATION VIA ANTHRANILATE.
機能・相同性
機能・相同性情報


アリルホルムアミダーゼ / formamidase activity / arylformamidase activity / anthranilate metabolic process / tryptophan catabolic process to kynurenine / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Kynurenine formamidase, bacteria / Putative cyclase / Kynurenine formamidase/cyclase-like / Kynurenine formamidase superfamily / Putative cyclase / Glucose Oxidase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-ジオキサン / グリオキサール / Kynurenine formamidase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Diaz-Saez, L. / Srikannathasan, V. / Zoltner, M. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: Structure of Bacterial Kynurenine Formamidase Reveals a Crowded Binuclear-Zinc Catalytic Site Primed to Generate a Potent Nucleophile.
著者: Diaz-Saez, L. / Srikannathasan, V. / Zoltner, M. / Hunter, W.N.
履歴
登録2014年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other
改定 1.22014年9月3日Group: Database references
改定 1.32017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: KYNURENINE FORMAMIDASE
B: KYNURENINE FORMAMIDASE
C: KYNURENINE FORMAMIDASE
D: KYNURENINE FORMAMIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,65322
ポリマ－93,6584
非ポリマー99518
水16,322906
1
C: KYNURENINE FORMAMIDASE
D: KYNURENINE FORMAMIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,28610
ポリマ－46,8292
非ポリマー4568
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-192.2 kcal/mol
Surface area16360 Å2
手法PISA
2
A: KYNURENINE FORMAMIDASE
B: KYNURENINE FORMAMIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,36812
ポリマ－46,8292
非ポリマー53910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-187.5 kcal/mol
Surface area16540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.710, 66.020, 83.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A3 - 209
2010B3 - 209
1020A4 - 208
2020C4 - 208
1030A4 - 208
2030D4 - 208
1040B4 - 208
2040C4 - 208
1050B4 - 208
2050D4 - 208
1060C4 - 209
2060D4 - 209

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
KYNURENINE FORMAMIDASE / KFA / KFASE / ARYLFORMAMIDASE / N-FORMYLKYNURENINE FORMAMIDASE / FKF


分子量: 23414.561 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌) / 株: AMES / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81PP9, アリルホルムアミダーゼ

-
非ポリマー , 5種, 924分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#5: 化合物 ChemComp-GXT / ethanedial / グリオキサ-ル / グリオキサール


分子量: 58.036 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 906 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K
詳細: 100 MM TRIS-HCL PH 8.5, 150 MM MGCL2, 30 % (W/V) PEG 4000 AND 1.5 % (V/V) DIOXANE. 293 K.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→42.48 Å / Num. obs: 202165 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: KYNURENINE FORMAMIDASE FROM BURKHOLDERIA CENOCEPACIA. TO BE SUBMITED

解像度: 1.95→83.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.595 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20663 2954 5.1 %RANDOM
Rwork0.17145 ---
obs0.17323 55358 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.886 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.17 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→83.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6473 0 37 906 7416
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0196835
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.026668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3211.9719300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2513.00315473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3145822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.39624.888313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.896151210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2771532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21085
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021416
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2540.22478
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.26712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.23276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.23157
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1350.26
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.620.26
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2780.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1970.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.2670.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9021.4413299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9021.4413298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5582.1564117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9731.6023536
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6342.3365183
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A128510.1
12B128510.1
21A131270.07
22C131270.07
31A126340.11
32D126340.11
41B128410.09
42C128410.09
51B130810.07
52D130810.07
61C128260.1
62D128260.1
LS精密化 シェル解像度: 1.952→2.003 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 205 -
Rwork0.211 3902 -
obs--94.81 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る