PDB-4cmp: Crystal structure of S. pyogenes Cas9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cmp

タイトル

Crystal structure of S. pyogenes Cas9

要素

CRISPR-ASSOCIATED ENDONUCLEASE CAS9/CSN1

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

DNASE (デオキシリボヌクレアーゼ) / RNA-GUIDED /

IMMUNITY / CRRNA /

GENOME EDITING (ゲノム編集)

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素 /

DNA binding /

RNA binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.62 Å

データ登録者

Jinek, M. / Jiang, F. / Taylor, D.W. / Sternberg, S.H. / Kaya, E. / Ma, E. / Anders, C. / Hauer, M. / Zhou, K. / Lin, S. ...

引用

ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Structures of Cas9 endonucleases reveal RNA-mediated conformational activation.
著者: Martin Jinek / Fuguo Jiang / David W Taylor / Samuel H Sternberg / Emine Kaya / Enbo Ma / Carolin Anders / Michael Hauer / Kaihong Zhou / Steven Lin / Matias Kaplan / Anthony T Iavarone / ...
要旨: Type II CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas (CRISPR-associated) systems use an RNA-guided DNA endonuclease, Cas9, to generate double-strand breaks in invasive DNA ...

履歴

登録	2014年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Atomic model / Database references
改定 1.2	2014年3月26日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cmp.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cmp.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cmp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/4cmp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/4cmp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5858C 5859C 5860C 4cmqC 4ogcC 4ogeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cmq-1 4cmq-2 3kd9-d 5o2s-d 5mlb-d 4txo-d 5tqr-d 2wfk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (12)

登録構造単位

A: CRISPR-ASSOCIATED ENDONUCLEASE CAS9/CSN1

B: CRISPR-ASSOCIATED ENDONUCLEASE CAS9/CSN1

ヘテロ分子

318 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CRISPR-ASSOCIATED ENDONUCLEASE CAS9/CSN1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
159 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CRISPR-ASSOCIATED ENDONUCLEASE CAS9/CSN1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
159 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	159.780, 209.620, 91.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99975, -0.02197, 0.0043), (-0.0221, -0.99927, 0.03109), (0.00361, -0.03117, -0.99951)
ベクター: -1.20034, -157.83882, 41.34232)

#1: タンパク質	CRISPR-ASSOCIATED ENDONUCLEASE CAS9/CSN1 / CAS9 分子量: 158986.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌) 株: SEROTYPE M1 / プラスミド: PEC-K-MBP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	M-TERMINAL GAAS IS DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS PH 8.5, 0.3 M LITHIUM SULFATE, 15% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.62→47.52 Å / Num. obs: 92408 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 1.94 / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 64.77 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.02
反射シェル	解像度: 2.62→2.69 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.62→47.481 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2858	2424	2.6 %
R_work	0.2523	-	-
obs	0.2532	92408	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.62→47.481 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18862	0	26	203	19091

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	19183
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.948	25770
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.958	7339
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	2899
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3268

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6199-2.6734	0.3463	141	0.3124	5216	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6734-2.7315	0.348	140	0.2967	5212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7315-2.795	0.3314	142	0.2921	5261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.795-2.8649	0.318	114	0.3003	5312	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8649-2.9424	0.4338	197	0.3195	5172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9424-3.0289	0.3392	103	0.3173	5306	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0289-3.1267	0.3904	163	0.3044	5238	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1267-3.2384	0.3531	137	0.2891	5276	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2384-3.368	0.2915	105	0.2777	5315	X-RAY DIFFRACTION	100
3.368-3.5213	0.2986	195	0.2636	5245	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5213-3.7069	0.2999	100	0.2508	5298	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7069-3.939	0.2672	198	0.2419	5237	X-RAY DIFFRACTION	99
3.939-4.243	0.2726	98	0.228	5321	X-RAY DIFFRACTION	99
4.243-4.6696	0.2878	193	0.2129	5270	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6696-5.3445	0.2598	105	0.2228	5395	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3445-6.7305	0.2739	99	0.2683	5402	X-RAY DIFFRACTION	99
6.7305-47.489	0.2259	194	0.235	5508	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9611	-0.3317	-0.5577	1.3429	-0.2998	3.1131	0.086	0.116	0.0292	0.0029	0.0488	0.0601	-0.5508	-0.3253	-0.0354	0.3044	0.1514	-0.0432	0.2146	0.0004	0.0788	-36.405	-29.7107	-24.0474
2	0.8415	-0.0559	0.4635	1.0919	-0.5167	1.2968	-0.1031	0.0134	0.0044	-0.0153	0.0531	-0.1155	-0.2501	0.1419	0.0105	0.26	-0.0311	0.0013	0.1559	0.029	0.2398	-18.4746	-58.9459	3.974
3	0.0752	-0.0494	-0.0088	0.3391	0.3176	0.4171	0.0434	-0.1717	0.1136	0.2927	-0.188	-0.1308	-1.0157	0.9933	-0.339	1.118	-1.0348	-0.1854	0.3889	0.5934	0.4699	-3.4501	-16.0601	-13.8044
4	2.3551	0.5395	0.4431	1.3934	-0.0122	2.1217	0.1625	-0.2388	0.1222	0.3479	-0.1566	0.1335	0.221	-0.0673	0.0222	0.2543	-0.1163	0.1277	0.26	-0.0347	0.1256	-39.0221	-125.3115	69.1741
5	0.4942	-0.1358	-0.1607	2.1738	-0.4719	0.7753	-0.0953	0.0437	-0.0552	-0.0424	0.0421	-0.0456	0.0409	0.079	0.0319	0.0959	0.0033	-0.0149	0.2241	0.07	0.3003	-19.403	-96.9345	40.4661
6	0.8212	-0.0362	-0.1933	0.7623	0.1648	0.9868	0.0013	-0.7989	-0.8501	-0.1659	0.1853	0.1471	0.4582	-0.1772	-0.0236	0.4324	-0.0616	-0.0984	0.7022	0.1768	0.741	-4.603	-140.1196	58.6578
7	0.8727	-0.0201	0.3388	0.4085	-0.0385	1.8746	-0.2565	-0.214	-0.1835	0.0395	0.3375	0.3252	-0.3051	-1.3947	-0.1969	0.3571	0.1635	0.0291	0.735	0.425	0.634	-56.0746	-83.9324	-2.4003
8	0.9802	0.115	0.1082	1.1606	0.6695	3.1914	-0.24	0.1218	0.4269	-0.0017	0.0255	0.8302	-0.0196	-1.2544	-1.3053	0.1736	0.129	-0.0588	0.4626	0.5871	0.9453	-58.0188	-71.4269	46.3373

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND ((RESID 4 THROUGH 65) OR (RESID 718 THROUGH 764) OR (RESID 908 THROUGH 1363))
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 66 THROUGH 447 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 775 THROUGH 902 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND ((RESID 4 THROUGH 65) OR (RESID 718 THROUGH 764) OR (RESID 908 THROUGH 1363))
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 66 THROUGH 447 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 773 THROUGH 901 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 503 THROUGH 714)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 502 THROUGH 713)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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