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- PDB-4cmn: Crystal structure of OCRL in complex with a phosphate ion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cmn
タイトルCrystal structure of OCRL in complex with a phosphate ion
要素INOSITOL POLYPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE OCRL-1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / INOSITOL SIGNALLING / SGC STOCKHOLM / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / LOWE SYNDROME / DENT DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol phosphate 4-phosphatase activity / inositol phosphate phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol phosphate metabolic process / inositol-polyphosphate 5-phosphatase / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / ホスファチジルイノシトール-3,4,5-三リン酸 5-ホスファターゼ / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity ...phosphatidylinositol phosphate 4-phosphatase activity / inositol phosphate phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol phosphate metabolic process / inositol-polyphosphate 5-phosphatase / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / ホスファチジルイノシトール-3,4,5-三リン酸 5-ホスファターゼ / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / ホスホイノシチド-5-ホスファターゼ / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol dephosphorylation / ゴルジ体 / membrane organization / phosphatidylinositol biosynthetic process / クラスリン / Golgi-associated vesicle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOJ GTPase cycle / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / cilium assembly / photoreceptor outer segment / RAC3 GTPase cycle / クラスリン / GTPase activator activity / ゴルジ体 / lipid metabolic process / small GTPase binding / phagocytic vesicle membrane / Clathrin-mediated endocytosis / early endosome membrane / in utero embryonic development / リソソーム / エンドソーム / シグナル伝達 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Inositol polyphosphate 5-phosphatase, clathrin binding domain / OCRL1, PH domain / Inositol polyphosphate 5-phosphatase clathrin binding domain / : / : / Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-like, ASH domain / OCRL1/INPP5B, INPP5c domain / : / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues ...Inositol polyphosphate 5-phosphatase, clathrin binding domain / OCRL1, PH domain / Inositol polyphosphate 5-phosphatase clathrin binding domain / : / : / Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-like, ASH domain / OCRL1/INPP5B, INPP5c domain / : / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Rho GTPase activation protein / 4-Layer Sandwich / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Tresaugues, L. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Ekblad, T. / Flodin, S. / Graslund, S. / Karlberg, T. ...Tresaugues, L. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Ekblad, T. / Flodin, S. / Graslund, S. / Karlberg, T. / Nyman, T. / Schuler, H. / Silvander, C. / Thorsell, A.G. / Weigelt, J. / Welin, M. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Phosphoinositide Substrate Recognition, Catalysis, and Membrane Interactions in Human Inositol Polyphosphate 5-Phosphatases.
著者: Tresaugues, L. / Silvander, C. / Flodin, S. / Welin, M. / Nyman, T. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Berglund, H. / Nordlund, P.
履歴
登録2014年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INOSITOL POLYPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE OCRL-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8455
ポリマ－41,5421
非ポリマー3034
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.766, 146.766, 146.766
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 INOSITOL POLYPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE OCRL-1 / LOWE OCULOCEREBRORENAL SYNDROME PROTEIN / INOSITOL POLYPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE OCRL-1 ISOFORM 1


分子量: 41541.617 Da / 分子数: 1 / 断片: 5-PHOSPHATASE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 215-560 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: MAMMALIAN GENE COLLECTION / プラスミド: PNIC-CH2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 PRARE
参照: UniProt: Q01968, ホスホイノシチド-5-ホスファターゼ
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AN ALANINE FOLLOWED BY A HEXAHISTIDINE TAG WAS ADDED TO THE C-TERMINUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.74 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.2 M ZINC ACETATE, 0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5, 10% ISOPROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.13→103.78 Å / Num. obs: 10068 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 40.5 % / Biso Wilson estimate: 106.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3.13→3.3 Å / 冗長度: 42.4 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MTC

3mtc


解像度: 3.13→48.922 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2628 1003 10 %
Rwork0.2096 --
obs0.2151 10030 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.424 Å2 / ksol: 0.298 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.13→48.922 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2690 0 18 4 2712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062766
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9973748
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.241991
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062406
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004487
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1305-3.29550.3511380.24491260X-RAY DIFFRACTION100
3.2955-3.50190.28781110.21811277X-RAY DIFFRACTION100
3.5019-3.77220.28371440.21511266X-RAY DIFFRACTION100
3.7722-4.15160.26761380.20161270X-RAY DIFFRACTION100
4.1516-4.7520.21311490.16871267X-RAY DIFFRACTION100
4.752-5.98530.23251540.18561295X-RAY DIFFRACTION100
5.9853-48.9280.28881690.24021392X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1305-0.1065-1.35763.6415-1.78520.5317-0.02480.07780.14150.06060.29990.6658-0.0487-0.0135-0.10510.5804-0.20980.11581.2481-0.27460.5022-4.805135.3749-31.3425
22.9902-0.89810.56015.1587-0.42471.0741-0.3608-0.137-0.414-0.04071.0069-1.02770.36780.90660.07490.4028-0.22380.35811.5453-0.37750.7308-1.065532.9778-27.3381
33.39240.5525-2.0856.4146-1.32441.7297-0.0611-0.5303-0.96721.16340.8965-1.54750.87110.94070.39750.84780.3619-0.14251.8251-0.11690.93030.076331.0453-12.8437
44.5559-0.6204-1.5193.1484-1.47784.1484-0.13890.3631-0.20851.16790.54880.601-0.53050.1462-0.1810.53840.04010.361.1876-0.23350.7012-17.729138.8463-13.2044
52.1431-0.1115-0.96891.9134-1.14210.9994-0.04480.2391-0.22160.2950.45910.74030.1409-0.0007-0.16340.6324-0.11430.10431.3231-0.13780.8273-15.324639.061-24.059
60.13870.6906-0.70312.026-0.26555.3378-0.18050.5226-0.63910.09450.1946-1.61281.0041-0.67370.03330.3976-0.42610.70071.5783-0.1790.779528.208158.3513-33.8091
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 217:306)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 307:379)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 380:411)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 412:480)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 481:541)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 542:559)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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