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- PDB-4cml: Crystal Structure of INPP5B in complex with Phosphatidylinositol ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cml
タイトルCrystal Structure of INPP5B in complex with Phosphatidylinositol 3,4- bisphosphate
要素TYPE II INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE 5- PHOSPHATASE, ISOFORM 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / SGC / SIGNALLING / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM STOCKHOLM / MAGNESIUM BINDING (マグネシウム)
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol phosphate metabolic process / flagellated sperm motility / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / ホスホイノシチド-5-ホスファターゼ / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol dephosphorylation / regulation of protein processing / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol ...Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol phosphate metabolic process / flagellated sperm motility / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / ホスホイノシチド-5-ホスファターゼ / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol dephosphorylation / regulation of protein processing / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / phagocytic vesicle membrane / early endosome membrane / 精子形成 / in utero embryonic development / ゴルジ体 / シグナル伝達 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
INPP5B, PH domain / Type II inositol 1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase PH domain / : / : / Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-like, ASH domain / OCRL1/INPP5B, INPP5c domain / : / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Deoxyribonuclease I; Chain A ...INPP5B, PH domain / Type II inositol 1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase PH domain / : / : / Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-like, ASH domain / OCRL1/INPP5B, INPP5c domain / : / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Rho GTPase activation protein / 4-Layer Sandwich / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-52N / Type II inositol 1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Ekblad, T. / Flodin, S. / Graslund, S. / Karlberg, T. / Moche, M. ...Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Ekblad, T. / Flodin, S. / Graslund, S. / Karlberg, T. / Moche, M. / Nyman, T. / Schuler, H. / Silvander, C. / Thorsell, A.G. / Weigelt, J. / Welin, M. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Phosphoinositide Substrate Recognition, Catalysis, and Membrane Interactions in Human Inositol Polyphosphate 5-Phosphatases.
著者: Tresaugues, L. / Silvander, C. / Flodin, S. / Welin, M. / Nyman, T. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Berglund, H. / Nordlund, P.
履歴
登録2014年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYPE II INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE 5- PHOSPHATASE, ISOFORM 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1966
ポリマ－36,2011
非ポリマー9945
水5,765320
1
A: TYPE II INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE 5- PHOSPHATASE, ISOFORM 2
ヘテロ分子

A: TYPE II INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE 5- PHOSPHATASE, ISOFORM 2
ヘテロ分子

A: TYPE II INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE 5- PHOSPHATASE, ISOFORM 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,58718
ポリマ－108,6033
非ポリマー2,98315
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
Buried area4170 Å2
ΔGint-118.7 kcal/mol
Surface area39380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.661, 133.661, 133.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 TYPE II INOSITOL 1,4,5-TRISPHOSPHATE 5- PHOSPHATASE, ISOFORM 2 / 75 KDA INOSITOL POLYPHOSPHATE-5-PHOSPHATASE / PHOSPHOINOSITIDE 5-PHOSPHATASE / 5PTASE


分子量: 36201.086 Da / 分子数: 1 / 断片: 5-PHOSPHATASE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 259-563 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DOMAIN ENCOMPASSING RESIDUES 259 TO 563. CLONED WITH A C-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG.
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: MAMMALIAN GENE COLLECTION / プラスミド: PNIC-CH2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 PRARE
参照: UniProt: P32019, ホスホイノシチド-5-ホスファターゼ

-
非ポリマー , 6種, 325分子

#2: 化合物 ChemComp-52N / 1,2-dioctanoyl phosphatidyl epi-inositol (3,4)-bisphosphate


分子量: 746.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49O19P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細A HEXAHISTIDINE TAG AND AN EXTRA ALANINE WERE ADDED IN C- TERMINUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.98 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 1.1 M NA-MALONATE PH 7.0, 0.1 M HEPES PH 7.0, 0.5% JEFFAMINE ED-2001 PH 7.0, 2MM MGSO4, 2MM PTDINS-(3,4,5)-P3 (1,2-DIOCTANOYL)

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03796
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.89 Å / Num. obs: 35595 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N9V

3n9v


解像度: 2.3→28.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 7.189 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1993 1786 5 %RANDOM
Rwork0.17506 ---
obs0.17628 33778 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.567 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2496 0 60 320 2876
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222633
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2431.9563573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7834298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3425313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.82424.341129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.00115431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6791512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022899
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02543
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4361.51551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.091.5629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86122507
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.42231082
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3514.51065
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 113 -
Rwork0.329 2473 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.20390.61050.171.00710.15581.10950.04920.06670.05070.0294-0.05960.0127-0.108-0.00430.01040.0828-0.00250.02290.0109-0.01210.03976.233927.9053-46.2963
24.2792-0.502-0.29172.0124-0.22341.7491-0.0558-0.1781-0.4480.16370.0146-0.11480.11430.08440.04120.077-0.02070.01360.0271-0.0010.10537.485914.915-43.1725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A258 - 421
2X-RAY DIFFRACTION2A422 - 567

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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