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- PDB-4c7a: Crystal structure of the Smoothened CRD, selenomethionine-labeled -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c7a
タイトルCrystal structure of the Smoothened CRD, selenomethionine-labeled
要素SMOOTHENED
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic motor neuron differentiation / caudal fin morphogenesis / endocrine system development / angioblast cell migration from lateral mesoderm to midline / swim bladder development / swim bladder morphogenesis / neural plate pattern specification / epithelial tube formation / Hedgehog 'off' state / : ...somatic motor neuron differentiation / caudal fin morphogenesis / endocrine system development / angioblast cell migration from lateral mesoderm to midline / swim bladder development / swim bladder morphogenesis / neural plate pattern specification / epithelial tube formation / Hedgehog 'off' state / : / : / neural plate morphogenesis / otolith morphogenesis / floor plate formation / muscle cell fate commitment / semicircular canal morphogenesis / diencephalon development / habenula development / spinal cord motor neuron cell fate specification / forebrain dorsal/ventral pattern formation / arterial endothelial cell fate commitment / striated muscle cell development / cardioblast differentiation / adenohypophysis development / embryonic neurocranium morphogenesis / glial cell development / dorsal aorta morphogenesis / embryonic viscerocranium morphogenesis / myofibril assembly / embryonic camera-type eye development / cardiac ventricle development / endocardial cell differentiation / spinal cord motor neuron differentiation / patched binding / telencephalon development / embryonic digestive tract morphogenesis / somite development / hindbrain development / neuron fate commitment / cerebellum morphogenesis / endocrine pancreas development / oligodendrocyte development / smooth muscle tissue development / pattern specification process / embryonic pattern specification / exocrine pancreas development / commissural neuron axon guidance / oxysterol binding / positive regulation of smoothened signaling pathway / 膵臓 / neural crest cell differentiation / retinal ganglion cell axon guidance / cartilage development / muscle organ development / anterior/posterior pattern specification / inner ear morphogenesis / smoothened signaling pathway / receptor clustering / heart looping / protein kinase A catalytic subunit binding / inner ear development / 脈管形成 / skeletal muscle fiber development / forebrain development / protein sequestering activity / negative regulation of protein phosphorylation / central nervous system development / 軸索誘導 / G protein-coupled receptor activity / 繊毛 / neuron differentiation / retina development in camera-type eye / nervous system development / 樹状突起 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain ...Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein smoothened
類似検索 - 構成要素
生物種DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nachtergaele, S. / Whalen, D.M. / Mydock, L.K. / Zhao, Z. / Malinauskas, T. / Krishnan, K. / Ingham, P.W. / Covey, D.F. / Rohatgi, R. / Siebold, C.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: Structure and Function of the Smoothened Extracellular Domain in Vertebrate Hedgehog Signaling
著者: Nachtergaele, S. / Whalen, D.M. / Mydock, L.K. / Zhao, Z. / Malinauskas, T. / Krishnan, K. / Ingham, P.W. / Covey, D.F. / Siebold, C. / Rohatgi, R.
履歴
登録2013年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMOOTHENED
B: SMOOTHENED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7986
ポリマ－44,6642
非ポリマー1344
水50428
1
A: SMOOTHENED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4203
ポリマ－22,3321
非ポリマー882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SMOOTHENED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3783
ポリマ－22,3321
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.130, 68.130, 92.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.1554, 0.9274, 0.3402), (0.9488, 0.04429, 0.3128), (0.2751, 0.3714, -0.8868)
ベクター: -12.1, -6.139, 53.13)

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要素

#1: タンパク質 SMOOTHENED /


分子量: 22331.754 Da / 分子数: 2 / 断片: CYSTEINE-RICH DOMAIN (CRD), RESIDUES 28-210 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q90X26
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CONSTRUCT CONTAINS ADDITIONAL N-TERMINAL (MA) AND C- TERMINAL (KLEHHHHHH) RESIDUES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.86 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 100 MM HEPES PH7.0, PEG 6000 20%, 10 MM ZNCL2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48 Å / Num. obs: 10085 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 26.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 23.7 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→30.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 22.17 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.533 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28406 483 4.8 %RANDOM
Rwork0.23586 ---
obs0.23803 9576 98.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.727 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1854 0 4 28 1886
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191910
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6041.9762594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2583.014172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9395232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.93524.63482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.16615326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0641510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02414
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6542.728934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6542.725933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5874.0771164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3863.013976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 33 -
Rwork0.336 629 -
obs--91.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8851-3.5463-1.31072.8710.92482.8032-0.1405-1.00840.43250.19590.2322-0.3023-0.0080.4216-0.09170.0263-0.0178-0.00470.2764-0.02440.0669-4.368-13.47612.12
26.8099-1.567-3.14881.54990.16497.887-0.0019-0.69160.17270.13090.2384-0.37510.51691.568-0.23640.18020.0936-0.00960.4062-0.10.1544-19.502-8.33236.646
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A41 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2B41 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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