[日本語] English
万見
- PDB-4bwh: Solution structure of the chimeric hydrophobin NChi2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bwh
タイトルSolution structure of the chimeric hydrophobin NChi2
要素NCHI2, HYDROPHOBIN, NCHI2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / SELF-ASSEMBLY (自己集合) / AMYLOID (アミロイド) / INTERFACE / CHIMERA
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of cell wall / fungal-type cell wall / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cerato-ulmin hydrophobin family / Fungal hydrophobin / Hydrophobin, conserved site / Fungal hydrophobins signature. / hfbii hydrophobin / Hydrophobin / Hydrophobin superfamily / Hydrophobin / Hydrophobins / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydrophobin / Hydrophobin
類似検索 - 構成要素
生物種NEUROSPORA CRASSA (アカパンカビ)
手法溶液NMR / ARIA2
データ登録者Ren, Q. / Sunde, M. / Kwan, A.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of the Chimeric Hydrophobin Nchi2
著者: Ren, Q. / Macindoe, I. / Sunde, M. / Kwan, A.
履歴
登録2013年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年6月14日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NCHI2, HYDROPHOBIN, NCHI2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0291
ポリマ－9,0291
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

-
要素

#1: タンパク質 NCHI2, HYDROPHOBIN, NCHI2 / RODLET PROTEIN


分子量: 9029.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FIRST RESIDUE (S) OF THE CONSTRUCT IS A CLONING ARTEFACT. THE FIRST RESIDUE OF THE MATURE PROTEIN AFTER SIGNAL PEPTIDE CLEAVAGE (A) IS MISSING. THIS IS A CHIMERIC PROTEIN OF NC2 (UNIPROT ...詳細: THE FIRST RESIDUE (S) OF THE CONSTRUCT IS A CLONING ARTEFACT. THE FIRST RESIDUE OF THE MATURE PROTEIN AFTER SIGNAL PEPTIDE CLEAVAGE (A) IS MISSING. THIS IS A CHIMERIC PROTEIN OF NC2 (UNIPROT Q7S3P5, RESIDUES 19-80 AND 91-97) AND EAS (UNIPROT Q04571, RESIDUES 88-105)
由来: (組換発現) NEUROSPORA CRASSA (アカパンカビ)
株: 4R74A, 4R74A
解説: ARTIFICIAL CHIMERIC PROTEIN, SEE DETAILS IN MOLECULE SECTION.
プラスミド: PHUE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7S3P5, UniProt: Q04571

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111H-H NOESY
222T1
232T2
242HETERONOE
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING H-H NOESY WITH UNLABELLED NCHI2 TOGETHER WITH PREDICTED TORSION ANGLE RESTRAINTS FROM 1H, 13C, AND 15N CHEMICAL SHIFTS.

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容
190% H2O/10% D2O
290% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150.0 mM2.5 1.0 atm318.0 K
250.0 mM2.5 1.0 atm318.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CcpNmr Analysis2.1構造決定
MolProbity4.02B構造決定
MOLMOL2K.2構造決定
DANGLE1.1構造決定
PROCHECK / PROCHECK-NMR3.4構造決定
TopSpin2.1構造決定
精密化手法: ARIA2 / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る