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万見
- PDB-4bq7: Crystal structure of the RGMB-Neo1 complex form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bq7
タイトルCrystal structure of the RGMB-Neo1 complex form 2
要素
  • (RGM DOMAIN FAMILY MEMBER B) x 2
  • NEOGENINNEO1
キーワードCELL ADHESION (細胞接着)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of axon regeneration / Netrin-1 signaling / co-receptor binding / BMP receptor binding / regulation of axon regeneration / myoblast fusion / plasma membrane protein complex / positive regulation of BMP signaling pathway / intracellular vesicle / protein secretion ...negative regulation of axon regeneration / Netrin-1 signaling / co-receptor binding / BMP receptor binding / regulation of axon regeneration / myoblast fusion / plasma membrane protein complex / positive regulation of BMP signaling pathway / intracellular vesicle / protein secretion / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / negative regulation of protein secretion / BMP signaling pathway / coreceptor activity / side of membrane / axonal growth cone / 軸索誘導 / neuron migration / 細胞接着 / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / signaling receptor activity / 成長円錐 / intracellular iron ion homeostasis / 細胞接着 / cadherin binding / 脂質ラフト / neuronal cell body / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / ゴルジ体 / 細胞膜 / シグナル伝達 / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminus / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminus / Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set ...Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminus / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminus / Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Neogenin / Repulsive guidance molecule B
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.601 Å
データ登録者Bell, C.H. / Healey, E. / van Erp, S. / Bishop, B. / Tang, C. / Gilbert, R.J.C. / Aricescu, A.R. / Pasterkamp, R.J. / Siebold, C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structure of the Repulsive Guidance Molecule (Rgm)-Neogenin Signaling Hub
著者: Bell, C.H. / Healey, E. / Van Erp, S. / Bishop, B. / Tang, C. / Gilbert, R.J.C. / Aricescu, A.R. / Pasterkamp, R.J. / Siebold, C.
履歴
登録2013年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22013年7月17日Group: Database references
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEOGENIN
B: NEOGENIN
C: RGM DOMAIN FAMILY MEMBER B
D: RGM DOMAIN FAMILY MEMBER B
E: RGM DOMAIN FAMILY MEMBER B
F: RGM DOMAIN FAMILY MEMBER B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,9726
ポリマ－140,9726
非ポリマー00
水0
1
B: NEOGENIN
E: RGM DOMAIN FAMILY MEMBER B
F: RGM DOMAIN FAMILY MEMBER B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4863
ポリマ－70,4863
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-23.6 kcal/mol
Surface area17440 Å2
手法PISA
2
A: NEOGENIN
C: RGM DOMAIN FAMILY MEMBER B
D: RGM DOMAIN FAMILY MEMBER B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4863
ポリマ－70,4863
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-23.7 kcal/mol
Surface area17360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.690, 109.690, 187.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.914, -0.143, 0.3796), (-0.1626, -0.7283, -0.6657), (0.3717, -0.6702, 0.6424)-105.3, -20.31, 41.67
2given(-0.9232, -0.1378, 0.3588), (-0.1599, -0.7112, -0.6845), (0.3495, -0.6893, 0.6345)-105.4, -19.48, 40.25

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要素

#1: タンパク質 NEOGENIN / NEO1


分子量: 29221.842 Da / 分子数: 2 / 断片: FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P97798
#2: タンパク質 RGM DOMAIN FAMILY MEMBER B / DRG11-RESPONSIVE AXONAL GUIDANCE AND OUTGROWTH OF NEURITE / DRAGON


分子量: 13318.698 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 50-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NW40
#3: タンパク質 RGM DOMAIN FAMILY MEMBER B / DRG11-RESPONSIVE AXONAL GUIDANCE AND OUTGROWTH OF NEURITE /


分子量: 27945.352 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 169-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NW40

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.2 M LITHIUM SULPHATE, 25 % PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9686
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.6→50 Å / Num. obs: 2508 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 121.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 6.6→6.8 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 6.601→84.779 Å / SU ML: 0.99 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.17 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THERE IS AN AUTOCATALYTIC CLEAVAGE SITE PRESENT IN RGMB ( CHAINS C AND D), WHICH IS LOCATED BETWEEN RESIDUES ASP168 AND PRO169. IN ADDITION, NEO1 RESIDUES R967 AND R968 IN ( CHAIN A AND B) WERE BUILT AS ALANINES.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2799 230 9.2 %
Rwork0.2537 --
obs0.2561 2488 97.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.601→84.779 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5714 0 0 0 5714
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0175860
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9347972
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7532126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.132910
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.6013-8.31580.29271120.28391116X-RAY DIFFRACTION98
8.3158-84.78590.27311180.23651142X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-2.2328-0.1047-3.974-0.45860.92372.276-0.0943-0.38521.0679-1.23250.34970.0138-0.16040.66410.01271.9630.0278-0.24782.25570.21682.1172-32.71874.9577-1.9249
23.18852.0437-4.86472.02792.39670.41040.29930.8024-0.41031.01290.13940.3895-0.51370.17301.57560.2398-0.45521.59130.08362.0927-59.2792-27.295310.8912
3-0.3154-2.02154.7356-0.3698-0.8058-0.56-0.18380.4475-0.2846-0.0641-0.01691.11360.103-0.99560.00612.17250.2836-0.04282.66580.27282.3359-86.77710.2457-17.3199
41.8480.8582-1.4322.643-1.82671.09-0.3289-0.06770.5234-0.12190.76610.1168-0.56330.428302.62340.10820.36931.54930.00012.13-52.181519.32932.3813
50.4262-0.20970.26633.99281.45857.4441-0.0336-0.32860.38590.28920.3566-0.0964-0.3150.6012-01.7104-0.0138-0.0441.64870.15831.8887-39.3858-23.673120.7424
6-4.2542-0.66853.45186.7632-3.52194.4544-0.22030.2084-0.25310.39-0.0481-0.0255-0.16920.471402.43190.23310.71551.652-0.11791.983-67.1247.328214.1933
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 884:983)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 984:1088)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESID 884:983)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 984:1088)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN C AND (RESID 138:321)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN D AND (RESID 138:321)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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