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- PDB-4bgw: Crystal Structure of H5 (VN1194) Influenza Haemagglutinin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bgw
タイトルCrystal Structure of H5 (VN1194) Influenza Haemagglutinin
要素(HEMAGGLUTININヘマグルチニン) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / N-GLYCOSYLATION (N-結合型グリコシル化) / VIRUS RECEPTOR / BIRD FLU (鳥インフルエンザ)
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / リボン / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Xiong, X. / Coombs, P. / Martin, S.R. / Liu, J. / Xiao, H. / McCauley, J.W. / Locher, K. / Walker, P.A. / Collins, P.J. / Kawaoka, Y. ...Xiong, X. / Coombs, P. / Martin, S.R. / Liu, J. / Xiao, H. / McCauley, J.W. / Locher, K. / Walker, P.A. / Collins, P.J. / Kawaoka, Y. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Receptor Binding by a Ferret-Transmissible H5 Avian Influenza Virus.
著者: Xiong, X. / Coombs, P. / R Martin, S. / Liu, J. / Xiao, H. / Mccauley, J.W. / Locher, K. / Walker, P.A. / Collins, P.J. / Kawaoka, Y. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J.
履歴
登録2013年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Structure summary
改定 1.22013年5月8日Group: Database references / Refinement description
改定 1.32013年5月15日Group: Database references
改定 1.42013年5月22日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMAGGLUTININ
B: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3576
ポリマ－56,0492
非ポリマー1,3084
水5,603311
1
A: HEMAGGLUTININ
B: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子

A: HEMAGGLUTININ
B: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子

A: HEMAGGLUTININ
B: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,07118
ポリマ－168,1466
非ポリマー3,92512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area32190 Å2
ΔGint-80.6 kcal/mol
Surface area59700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.240, 101.240, 451.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2078-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HEMAGGLUTININ / ヘマグルチニン / HAEMAGGLUTININ HA1


分子量: 36950.766 Da / 分子数: 1 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 17-340 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL (NIBSC)
由来: (天然) INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス)
Variant: A/VN/1194/04/NIBRG14 VACCINE STRAIN / 株: A/VIETNAM/1194/2004(H5N1) / 参照: UniProt: Q6DQ34
#2: タンパク質 HEMAGGLUTININ / ヘマグルチニン / HAEMAGGLUTININ HA2


分子量: 19097.990 Da / 分子数: 1
断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 347-512
由来タイプ: 天然
詳細: THE NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL (NIBSC)
由来: (天然) INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス)
Variant: A/VN/1194/04/NIBRG14 VACCINE STRAIN / 株: A/VIETNAM/1194/2004(H5N1) / 参照: UniProt: Q6DQ34

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糖 , 3種, 3分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-3DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 312分子

#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細MULTIBASIC SITE REMOVED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.02 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M HEPES PH 7.0, 0.05 M MGCL2, 28-30% PEG 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→40.86 Å / Num. obs: 32162 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.48→2.61 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IBX

2ibx


解像度: 2.48→40.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 15.07 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25832 1628 5.1 %RANDOM
Rwork0.20777 ---
obs0.21035 30534 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.054 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20.22 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→40.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3859 0 85 311 4255
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194048
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9615493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.723.0038562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8455483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.06325.174201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.37215678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2361517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02945
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1120.2081932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1120.2081931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.20.3112412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9550.4272115
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.545 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 109 -
Rwork0.286 2233 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4089-0.0402-0.50550.1908-0.08353.931-0.06170.1073-0.0907-0.2155-0.1177-0.10310.53860.48610.17940.34430.11350.08280.26790.03240.3613-29.354222.744518.8155
22.94860.94720.22452.0889-0.11581.9895-0.41160.7788-0.0686-0.43640.3026-0.05580.648-0.3130.1090.8009-0.02450.14180.6546-0.04780.2912-34.695317.1795-16.4468
31.1547-0.2607-3.46451.115-0.491812.04560.00390.06340.0254-0.36520.0059-0.15470.556-0.144-0.00980.25250.04030.02870.2793-0.01210.3498-30.506223.447926.9295
44.3466-0.62673.85972.2225-0.31467.9142-0.27220.1021-0.32480.1020.1894-0.07660.70330.58130.08280.21330.09530.09590.11260.07220.3282-36.301420.78658.6773
54.418-1.95923.34167.845-6.120417.1107-0.1904-0.0765-0.2151-0.17810.0088-0.46050.83650.79950.18170.2942-0.01510.02310.3232-0.01240.2888-43.680130.392110.4069
61.536-0.52561.81081.6196-1.705114.4563-0.1762-0.190.00830.12790.0253-0.0034-0.1565-0.38450.15090.02560.0260.00170.06990.00050.2693-43.003326.528856.6828
717.1357-0.24651.43514.3211.750212.7483-0.5911-0.9678-1.29010.93920.51610.74481.4792-0.26970.0750.53770.160.14320.42880.27460.619-38.432514.185880.5565
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2A106 - 262
3X-RAY DIFFRACTION3A263 - 321
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 60
5X-RAY DIFFRACTION5B61 - 84
6X-RAY DIFFRACTION6B85 - 141
7X-RAY DIFFRACTION7B142 - 163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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