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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4atg | ||||||
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タイトル | TAF6 C-terminal domain from Antonospora locustae | ||||||
要素 | TAF6 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TFIID (TFIID) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ANTONOSPORA LOCUSTAE (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.89 Å | ||||||
データ登録者 | Romier, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: TFIID Taf6-Taf9 Complex Formation Involves the Heat Repeat-Containing C-Terminal Domain of Taf6 and is Modulated by Taf5 Protein. 著者: Scheer, E. / Delbac, F. / Tora, L. / Moras, D. / Romier, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4atg.cif.gz | 97.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4atg.ent.gz | 74.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4atg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/4atg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/4atg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22634.561 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 160-355 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ANTONOSPORA LOCUSTAE (菌類) / プラスミド: PNEA-TH / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I6L8L5*PLUS | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | NOT IN DATABASES GLY 160 AND SER 161 THROMBIN CLEAVAGE SITE. HIS 162 AND MET 163 ENGINEERED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1 M CHES PH 9.5, 10% (W/V) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 17911 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 30.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.94 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.89→18.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9311 / SU R Cruickshank DPI: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Blow DPI: 0.132 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.129
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.16 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.236 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→18.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.89→2 Å / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 25.9766 Å / Origin y: 40.0697 Å / Origin z: 15.9232 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: CHAIN A |