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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4aps | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a POT family peptide transporter in an inward open conformation. | ||||||
要素 | DI-OR TRIPEPTIDE H+ SYMPORTER | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / PEPTIDE TRANSPORT / MAJOR FACILITATOR SUPERFAMILY / TRANSPORTER (運搬体タンパク質) / MFS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | STREPTOCOCCUS THERMOPHILUS (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Solcan, N. / Kwok, J. / Fowler, P.W. / Cameron, A.D. / Drew, D. / Iwata, S. / Newstead, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2012 タイトル: Alternating Access Mechanism in the Pot Family of Oligopeptide Transporters. 著者: Solcan, N. / Kwok, J. / Fowler, P.W. / Cameron, A.D. / Drew, D. / Iwata, S. / Newstead, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4aps.cif.gz | 359.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4aps.ent.gz | 302 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4aps.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/4aps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/4aps | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.802, -0.023, 0.597), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53721.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS THERMOPHILUS (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) 株: LMG 18311 / プラスミド: PWALDO-GFPD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q5M4H8 #2: 化合物 | ChemComp-CD / | 非ポリマーの詳細 | CADMIUM ION (CD): IDENTITY OF CD ION CONFIRMED USING SAD DATA AT 7.1 KEV. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 77 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 26 % PEG 400, 0.1 M MES PH 6.50, 0.03 M MGCL2 0.001 M CDCL2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月5日 詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING |
放射 | モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→82 Å / Num. obs: 33300 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 127.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.11 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 3.3→22.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7832 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7858 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.361 / SU Rfree Blow DPI: 0.488 詳細: RESIDUES 1-10, 270-281, 350-352, 472-491 ARE DISORDERED IN THE CRYSTAL AND WERE NOT BUILT INTO THE MODEL.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 140.73 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 1.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→22.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | T22: -0.6079 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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