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- PDB-4ak4: High resolution structure of Galactose Binding lectin from Champe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ak4
タイトルHigh resolution structure of Galactose Binding lectin from Champedak (CGB)
要素
  • AGGLUTININ ALPHA CHAIN
  • AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN (レクチン) / PLANT (植物) / MANNOSE (マンノース)
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Agglutinin alpha chain / Agglutinin beta-4 chain
類似検索 - 構成要素
生物種ARTOCARPUS INTEGER (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Gabrielsen, M. / Abdul-Rahman, P.S. / Othman, S. / Hashim, O.H. / Cogdell, R.J.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Structures and Binding Specificity of Galactose- and Mannose-Binding Lectins from Champedak: Differences from Jackfruit Lectins
著者: Gabrielsen, M. / Abdul-Rahman, P.S. / Othman, S. / Hashim, O.H. / Cogdell, R.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Crystallization and Preliminary Structural Studies of Champedak Galactose-Binding Lectin.
著者: Gabrielsen, M. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Abdul-Rahman, P.S. / Mohamed, E. / Ibrahim, W.I.W. / Hashim, O.H. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J.
履歴
登録2012年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22014年6月18日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
B: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
C: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
D: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
E: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
F: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
G: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
H: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
I: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
J: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
K: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
L: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
M: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
N: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
O: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
P: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,48522
ポリマ－134,79116
非ポリマー1,6946
水17,511972
1
A: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
B: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
C: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
D: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
E: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
F: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
G: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
H: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,52512
ポリマ－67,3968
非ポリマー1,1294
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13330 Å2
ΔGint-67.5 kcal/mol
Surface area23440 Å2
手法PISA
2
M: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
N: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
O: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
P: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
ヘテロ分子

I: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
J: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
K: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
L: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,96010
ポリマ－67,3968
非ポリマー5652
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area13020 Å2
ΔGint-71.2 kcal/mol
Surface area23940 Å2
手法PISA
3
I: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
J: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
K: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
L: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN

M: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
N: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
O: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
P: AGGLUTININ BETA-4 CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,96010
ポリマ－67,3968
非ポリマー5652
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area13020 Å2
ΔGint-71.2 kcal/mol
Surface area23940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.171, 121.729, 77.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
AGGLUTININ ALPHA CHAIN / JACALIN ALPHA CHAIN / CHAMPEDAK GALACTOSE BINDING LECTIN ALPHA CHAIN


分子量: 14690.569 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ARTOCARPUS INTEGER (植物) / 参照: UniProt: P18670
#2: タンパク質・ペプチド
AGGLUTININ BETA-4 CHAIN / JACALIN BETA-4 CHAIN


分子量: 2158.325 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ARTOCARPUS INTEGER (植物) / 参照: UniProt: Q9S8T0
#3: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 972 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CROSS-REFERENCE IS TO NEAREST UNIPROT BUT SEQUENCE IS VARIANT WITH GENBANK REFERENCE GB FR728240.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 40% PEG 600, 100 MM PHOSPHATE/CITRATE BUFFER PH 4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→122.17 Å / Num. obs: 169730 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 80.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KU8

1ku8


解像度: 1.65→24.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9599 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU R Cruickshank DPI: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.081 / SU Rfree Blow DPI: 0.08 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.08
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1898 8207 5.02 %RANDOM
Rwork0.1648 ---
obs0.1661 163499 96.36 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.359 Å20 Å20.2034 Å2
2---1.7002 Å20 Å2
3----0.6588 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→24.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9221 0 46 972 10239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0099648HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0113103HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3140SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes186HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1425HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9648HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.2
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1229SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11402SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2581 429 4.6 %
Rwork0.2157 8888 -
all0.2176 9317 -
obs--96.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4091-0.0685-0.44510.30840.06480.35740.0609-0.10860.11180.0081-0.02120.0312-0.0666-0.0093-0.0397-0.0327-0.00110.01430.042-0.032-0.00346.959-29.161434.1675
21.0309-0.1511-0.12411.3556-0.1683-0.0028-0.00180.07680.1551-0.1351-0.0684-0.0884-0.148-0.11180.07020.0024-0.00840.02680.0239-0.01680.00618.6253-28.858717.9473
32.12450.6461-1.22090.6802-0.62071.58760.239-0.27810.31130.1117-0.1140.0493-0.25650.3025-0.125-0.0266-0.05690.038-0.0014-0.0159-0.001136.4092-21.442213.3632
40.99910.2816-0.90-0.66140.8932-0.0155-0.131-0.02050.0464-0.1127-0.0734-0.03540.11970.1282-0.0134-0.01370.02880.05810.0128-0.005632.5627-34.795418.68
50.7748-0.1425-0.02590.9580.11830.4560.0287-0.0137-0.0815-0.0158-0.04030.13510.0383-0.04280.0116-0.0131-0.0117-0.0104-0.0138-0.00290.0091-0.7169-49.212615.4379
61.34790.5473-0.46010.8319-0.2566-0.010.0229-0.1116-0.1488-0.0788-0.053-0.15350.17180.10010.0301-0.0070.00770.01330.0293-0.00810.021314.073-46.728522.0847
71.48380.51-0.19331.8941-0.42680.5924-0.11340.231-0.1596-0.41550.0091-0.27090.0910.02380.10420.0420.00620.0893-0.01720.0003-0.046232.8739-46.1352-0.2683
80.75220.6431-0.93190.52170.11030.32570.01830.07480.092-0.2137-0.00070.0281-0.0316-0.0352-0.01770.0224-0.01050.01960.01850.02360.001922.7101-35.382.4504
90.8016-0.3547-0.11451.2392-0.31510.3198-0.0903-0.1680.12830.37720.0549-0.2492-0.02760.04530.03530.11260.0068-0.1117-0.0432-0.0131-0.0412-4.8522-14.7926-0.3785
100.0981-0.92910.63460-0.440.6333-0.0173-0.061-0.11280.19510.04750.08060.1457-0.0686-0.03020.09690.002-0.0372-0.0173-0.0012-0.0197-14.9982-26.0413-2.8308
111.6471-0.18781.02830.7706-0.10721.79270.05210.2766-0.15330.0609-0.0029-0.02830.11480.363-0.0492-0.020.0283-0.01370.0256-0.0233-0.0451-1.0029-38.6008-15.1805
12-0.0126-0.50720.5810-1.12492.1058-0.02660.14760.01180.0877-0.0533-0.0278-0.12890.08840.07990.0241-0.0093-0.04070.04570.0051-0.0255-5.682-24.619-20.732
131.34770.23430.45670.23350.05120.64870.03680.0341-0.0072-0.0117-0.03310.04790.062-0.0366-0.0037-0.0388-0.0027-0.01560.03-0.03770.006545.7814-29.9183-35.8476
140.04771.03960.117800.15080.95420.0168-0.1229-0.05950.0481-0.09330.00730.1674-0.1840.07650.00520.0061-0.01690.0334-0.04870.013546.8607-30.7826-19.9922
150.8080.06530.10541.9080.73110.67060.03730.01510.07280.1499-0.26660.54590.0418-0.12260.2292-0.0738-0.0090.0433-0.0284-0.08370.097537.9844-10.7024-16.5282
160.3965-0.61380.78662.3487-0.11590.43310.03310.0930.10580.0024-0.14380.0122-0.1819-0.090.1107-0.0210.0105-0.0190.0398-0.0280.012652.4816-12.8605-23.4709
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN I
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN J
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN K
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN L
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN M
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN N
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN O
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN P

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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