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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4a7x | ||||||
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タイトル | Crystal structure of uridylate kinase from Helicobacter pylori | ||||||
要素 | URIDYLATE KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UMP kinase / UMP kinase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / UDP biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å | ||||||
データ登録者 | Chu, C.H. / Liu, M.H. / Chen, P.C. / Sun, Y.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012 タイトル: Structures of Helicobacter Pylori Uridylate Kinase: Insight Into Release of the Product Udp 著者: Chu, C.H. / Chen, P.C. / Liu, M.H. / Li, Y.C. / Hsiao, C.D. / Sun, Y.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4a7x.cif.gz | 545.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4a7x.ent.gz | 456.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4a7x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4a7x_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4a7x_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4a7x_validation.xml.gz | 55 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4a7x_validation.cif.gz | 74.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/4a7x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/4a7x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26208.449 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 株: 26695 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: P56106, UMP kinase #2: 化合物 | ChemComp-UDP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→30 Å / Num. obs: 62731 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 58.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2BND 解像度: 2.49→96.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 24.649 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.522 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.49→96.4 Å
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拘束条件 |
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