PDB-3zwx: Crystal structure of ADP-ribosyl cyclase complexed with 8-bromo-A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zwx

タイトル

Crystal structure of ADP-ribosyl cyclase complexed with 8-bromo-ADP- ribose

要素

ADP-RIBOSYL CYCLASE

環状アデノシン二リン酸リボース

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

CD38 (CD38) /

SUBSTRATE SPECIFICITY

機能・相同性

機能・相同性情報

2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / NADP+ nucleosidase activity /

加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / single fertilization /

transferase activity / cytoplasmic vesicle /

生体膜
類似検索 - 分子機能

生物種

APLYSIA CALIFORNICA (ジャンボアメフラシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Kotaka, M. / Graeff, R. / Zhang, L.H. / Lee, H.C. / Hao, Q.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Studies of Intermediates Along the Cyclization Pathway of Aplysia Adp-Ribosyl Cyclase.
著者: Kotaka, M. / Graeff, R. / Chen, Z. / Zhang, L.H. / Lee, H.C. / Hao, Q.

履歴

登録	2011年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zwx.cif.gz	825.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zwx.ent.gz	687.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zwx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zwyC 1r12S 1lbe 1r0s 1r15 1r16 3zwn 3zwo 3zwp 3zwv 3zww S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zwv-1 3zww-3 3zww-2 3zwo-4 3zwy-4 1r16-d 3zwy-3 1r15-1 3zwp-3 3zwm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ADP-RIBOSYL CYCLASE

B: ADP-RIBOSYL CYCLASE

C: ADP-RIBOSYL CYCLASE

D: ADP-RIBOSYL CYCLASE

E: ADP-RIBOSYL CYCLASE

F: ADP-RIBOSYL CYCLASE

G: ADP-RIBOSYL CYCLASE

H: ADP-RIBOSYL CYCLASE

ヘテロ分子

243 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ADP-RIBOSYL CYCLASE

B: ADP-RIBOSYL CYCLASE

ヘテロ分子

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60.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: ADP-RIBOSYL CYCLASE

D: ADP-RIBOSYL CYCLASE

ヘテロ分子

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60.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: ADP-RIBOSYL CYCLASE

F: ADP-RIBOSYL CYCLASE

ヘテロ分子

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60.7 kDa, 2 ポリマー
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4

G: ADP-RIBOSYL CYCLASE

H: ADP-RIBOSYL CYCLASE

ヘテロ分子

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60.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.682, 76.818, 140.333
Angle α, β, γ (deg.)	87.85, 89.25, 89.12
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	7 - 22	9 - 24
2	1	LEU	LEU	ARG	ARG	B	B	7 - 22	9 - 24
3	1	LEU	LEU	ARG	ARG	C	C	7 - 22	9 - 24
4	1	LEU	LEU	ARG	ARG	D	D	7 - 22	9 - 24
5	1	LEU	LEU	ARG	ARG	E	E	7 - 22	9 - 24
6	1	LEU	LEU	ARG	ARG	F	F	7 - 22	9 - 24
7	1	LEU	LEU	ARG	ARG	G	G	7 - 22	9 - 24
8	1	LEU	LEU	ARG	ARG	H	H	7 - 22	9 - 24
1	2	CYS	CYS	SER	SER	A	A	34 - 46	36 - 48
2	2	CYS	CYS	SER	SER	B	B	34 - 46	36 - 48
3	2	CYS	CYS	SER	SER	C	C	34 - 46	36 - 48
4	2	CYS	CYS	SER	SER	D	D	34 - 46	36 - 48
5	2	CYS	CYS	SER	SER	E	E	34 - 46	36 - 48
6	2	CYS	CYS	SER	SER	F	F	34 - 46	36 - 48
7	2	CYS	CYS	SER	SER	G	G	34 - 46	36 - 48
8	2	CYS	CYS	SER	SER	H	H	34 - 46	36 - 48
1	3	TYR	TYR	GLN	GLN	A	A	58 - 66	60 - 68
2	3	TYR	TYR	GLN	GLN	B	B	58 - 66	60 - 68
3	3	TYR	TYR	GLN	GLN	C	C	58 - 66	60 - 68
4	3	TYR	TYR	GLN	GLN	D	D	58 - 66	60 - 68
5	3	TYR	TYR	GLN	GLN	E	E	58 - 66	60 - 68
6	3	TYR	TYR	GLN	GLN	F	F	58 - 66	60 - 68
7	3	TYR	TYR	GLN	GLN	G	G	58 - 66	60 - 68
8	3	TYR	TYR	GLN	GLN	H	H	58 - 66	60 - 68
1	4	ASN	ASN	GLY	GLY	A	A	72 - 113	74 - 115
2	4	ASN	ASN	GLY	GLY	B	B	72 - 113	74 - 115
3	4	ASN	ASN	GLY	GLY	C	C	72 - 113	74 - 115
4	4	ASN	ASN	GLY	GLY	D	D	72 - 113	74 - 115
5	4	ASN	ASN	GLY	GLY	E	E	72 - 113	74 - 115
6	4	ASN	ASN	GLY	GLY	F	F	72 - 113	74 - 115
7	4	ASN	ASN	GLY	GLY	G	G	72 - 113	74 - 115
8	4	ASN	ASN	GLY	GLY	H	H	72 - 113	74 - 115
1	5	TRP	TRP	GLY	GLY	A	A	140 - 161	142 - 163
2	5	TRP	TRP	GLY	GLY	B	B	140 - 161	142 - 163
3	5	TRP	TRP	GLY	GLY	C	C	140 - 161	142 - 163
4	5	TRP	TRP	GLY	GLY	D	D	140 - 161	142 - 163
5	5	TRP	TRP	GLY	GLY	E	E	140 - 161	142 - 163
6	5	TRP	TRP	GLY	GLY	F	F	140 - 161	142 - 163
7	5	TRP	TRP	GLY	GLY	G	G	140 - 161	142 - 163
8	5	TRP	TRP	GLY	GLY	H	H	140 - 161	142 - 163
1	6	ARG	ARG	ALA	ALA	A	A	189 - 245	191 - 247
2	6	ARG	ARG	ALA	ALA	B	B	189 - 245	191 - 247
3	6	ARG	ARG	ALA	ALA	C	C	189 - 245	191 - 247
4	6	ARG	ARG	ALA	ALA	D	D	189 - 245	191 - 247
5	6	ARG	ARG	ALA	ALA	E	E	189 - 245	191 - 247
6	6	ARG	ARG	ALA	ALA	F	F	189 - 245	191 - 247
7	6	ARG	ARG	ALA	ALA	G	G	189 - 245	191 - 247
8	6	ARG	ARG	ALA	ALA	H	H	189 - 245	191 - 247

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.5945, 0.3077, 0.7429), (0.282, -0.945, 0.1657), (0.7531, 0.111, -0.6485)	0.0789, -0.5575, 0.0831
2	given	(0.602, -0.3247, -0.7295), (0.2929, 0.9397, -0.1765), (0.7428, -0.1074, 0.6608)	15.4531, 43.6245, 8.9304
3	given	(0.9998, 0.0185, 0.0105), (0.0181, -0.9992, 0.0368), (0.0112, -0.0366, -0.9993)	29.2998, -35.4979, 12.2426
4	given	(0.5078, 0.6419, -0.5746), (-0.657, 0.72, 0.2237), (0.5573, 0.2639, 0.7873)	66.3031, 4.1577, -41.4091
5	given	(0.5382, 0.7814, 0.3159), (0.8406, -0.4705, -0.2683), (-0.061, 0.41, -0.9101)	9.4405, 8.7421, 77.4058
6	given	(0.499, -0.6643, 0.5565), (-0.6635, -0.7059, -0.2478), (0.5574, -0.2456, -0.7931)	21.4585, 1.1892, -56.3363
7	given	(0.5293, -0.7788, -0.3365), (0.8459, 0.4537, 0.2804), (-0.0657, -0.4331, 0.8989)	-29.1899, -3.219, 52.7284

#1: タンパク質	ADP-RIBOSYL CYCLASE / 環状アデノシン二リン酸リボース / ADRC / NAD GLYCOHYDROLASE / NAD(+) NUCLEOSIDASE / NADASE 分子量: 29722.102 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) APLYSIA CALIFORNICA (ジャンボアメフラシ) プラスミド: PPICZALPHAA / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: P29241, NAD+ヌクレオシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-AV1 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-8-bromo-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4S)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate / 8-BROMOADENOSINE-5'-O-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 622.212 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂BrN₅O₁₃P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.97 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 0.1M IMIDAZOLE, PH 7.5, 12-14% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 75158 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 64.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R12

1r12

解像度: 2.6→29.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 28.955 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.055 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27148	3763	5 %	RANDOM
R_work	0.20289	-	-	-
obs	0.20635	71392	96.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.472 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	-0.06 Å²	-0.06 Å²
2-	-	0.11 Å²	0.23 Å²
3-	-	-	-0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16124	0	292	313	16729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	16892
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.711	1.983	22940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.609	5	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.852	23.571	784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.929	15	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.286	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	2444
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	12800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.604	1.5	10052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.229	2	16214
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.111	3	6840
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.554	4.5	6726
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	636	medium positional	0.18	0.5
2	B	636	medium positional	0.22	0.5
3	C	636	medium positional	0.19	0.5
4	D	636	medium positional	0.19	0.5
5	E	636	medium positional	0.2	0.5
6	F	636	medium positional	0.23	0.5
7	G	636	medium positional	0.23	0.5
8	H	636	medium positional	0.26	0.5
1	A	633	loose positional	0.4	5
2	B	633	loose positional	0.48	5
3	C	633	loose positional	0.45	5
4	D	633	loose positional	0.48	5
5	E	633	loose positional	0.45	5
6	F	633	loose positional	0.5	5
7	G	633	loose positional	0.51	5
8	H	633	loose positional	0.64	5
1	A	636	medium thermal	0.68	2
2	B	636	medium thermal	0.64	2
3	C	636	medium thermal	0.55	2
4	D	636	medium thermal	0.82	2
5	E	636	medium thermal	0.74	2
6	F	636	medium thermal	0.66	2
7	G	636	medium thermal	0.62	2
8	H	636	medium thermal	0.62	2
1	A	633	loose thermal	0.98	10
2	B	633	loose thermal	0.95	10
3	C	633	loose thermal	0.87	10
4	D	633	loose thermal	1.03	10
5	E	633	loose thermal	0.93	10
6	F	633	loose thermal	0.88	10
7	G	633	loose thermal	0.87	10
8	H	633	loose thermal	0.85	10

LS精密化シェル

解像度: 2.598→2.665 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	236	-
R_work	0.295	4766	-
obs	-	-	87.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4996	0.4585	-0.4516	0.5216	-0.0455	1.4628	-0.0951	0.2407	0.1381	-0.0421	0.0547	0.0804	0.0505	-0.0782	0.0404	0.0117	0.0024	-0.009	0.1123	-0.0191	0.1408	7.1278	-4.1386	-13.1645
2	1.7665	-0.2009	0.1958	0.3828	-0.2012	0.597	0.0019	-0.2195	-0.2041	0.1384	0.0866	0.0379	-0.0002	-0.035	-0.0885	0.1292	0.0062	0.0152	0.1337	-0.0416	0.134	-6.8697	4.0254	13.3404
3	1.95	0.0808	-0.3521	0.6429	-0.0236	0.602	-0.06	0.1349	0.2186	-0.2761	0.0954	0.1118	-0.0906	-0.09	-0.0354	0.2714	-0.0474	-0.0714	0.0813	-0.0046	0.1703	-35.5464	-39.7373	0.089
4	1.2785	-0.377	0.3815	0.7295	-0.0714	1.0093	-0.0807	-0.2335	-0.1255	-0.0087	0.0356	0.0893	0.0098	-0.16	0.0452	0.0204	-0.0218	0.0178	0.15	-0.0218	0.1454	-21.8634	-30.9337	26.3435
5	0.4974	0.4252	0.2982	1.8052	-0.9027	1.6016	0.0264	-0.0299	-0.024	0.1998	0.1148	0.1068	-0.1572	-0.206	-0.1412	0.0288	0.0037	0.0065	0.1469	-0.0094	0.1405	-8.782	-36.5159	54.3617
6	1.0904	0.1468	0.0423	0.8519	-0.931	1.58	-0.1294	-0.2288	-0.1569	0.4393	0.2125	-0.038	-0.6781	-0.2569	-0.083	0.4467	0.1118	0.0286	0.2633	-0.0142	0.155	-6.7083	-33.0115	85.144
7	0.405	-0.4637	-0.3442	1.4528	-0.7043	1.9138	-0.034	0.0536	-0.0173	-0.1196	0.0159	0.0409	0.1884	-0.1266	0.0182	0.0389	-0.0117	0.0226	0.1352	-0.0308	0.144	20.3841	2.7486	-40.8867
8	0.9891	-0.8696	-0.106	1.3098	-0.7481	1.4491	-0.0734	0.1726	0.1615	-0.2306	0.0019	-0.1312	0.5437	-0.1665	0.0715	0.3541	-0.0548	0.0341	0.2524	0.0031	0.1614	22.819	-0.0697	-71.7554

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 250
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 251
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 252
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-1 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 251
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 252
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	-1 - 251
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	0 - 251

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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