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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zut | ||||||
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タイトル | The structure of OST1 (D160A) kinase | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase SRK2E | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / KINASE REGULATION / PLANT ABIOTIC STRESS / SIGNALING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to absence of light / regulation of anion channel activity / regulation of stomatal opening / unsaturated fatty acid biosynthetic process / cellular response to carbon dioxide / triglyceride biosynthetic process / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / sucrose metabolic process / regulation of stomatal closure / stomatal movement ...cellular response to absence of light / regulation of anion channel activity / regulation of stomatal opening / unsaturated fatty acid biosynthetic process / cellular response to carbon dioxide / triglyceride biosynthetic process / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / sucrose metabolic process / regulation of stomatal closure / stomatal movement / leaf development / regulation of stomatal movement / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / response to water deprivation / response to abscisic acid / abscisic acid-activated signaling pathway / regulation of reactive oxygen species metabolic process / response to osmotic stress / response to salt stress / kinase activity / protein phosphatase binding / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / defense response to bacterium / protein serine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Yunta, C. / Martinez-Ripoll, M. / Albert, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2011 タイトル: The structure of Arabidopsis thaliana OST1 provides insights into the kinase regulation mechanism in response to osmotic stress. 著者: Yunta, C. / Martinez-Ripoll, M. / Zhu, J.K. / Albert, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zut.cif.gz | 242.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zut.ent.gz | 195.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zut.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/3zut ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/3zut | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.6152, 0.3246, 0.7184), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41052.492 Da / 分子数: 2 / 変異: D160A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SRK2E, OST1, SNRK2.6, At4g33950, F17I5.140 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q940H6, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1 M HEPES PH 6.5, 12% PEG10000 AND 12% ETHYLENE GLYCOL. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→41.74 Å / Num. obs: 29227 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3HYH 解像度: 2.5→41.74 Å / SU ML: 0.8 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.43 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.74 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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