PDB-3zt5: GlgE isoform 1 from Streptomyces coelicolor with maltose bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zt5

タイトル

GlgE isoform 1 from Streptomyces coelicolor with maltose bound

要素

PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 13_3 / ALPHA-GLUCAN BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

starch synthase (maltosyl-transferring) / alpha-glucan biosynthetic process / hexosyltransferase activity / oligosaccharide catabolic process / alpha-amylase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Syson, K. / Stevenson, C.E.M. / Rejzek, M. / Fairhurst, S.A. / Nair, A. / Bruton, C.J. / Field, R.A. / Chater, K.F. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure of a Streptomyces Maltosyltransferase Glge: A Homologue of a Genetically Validated Anti-Tuberculosis Target.
著者: Syson, K. / Stevenson, C.E.M. / Rejzek, M. / Fairhurst, S.A. / Nair, A. / Bruton, C.J. / Field, R.A. / Chater, K.F. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.

履歴

登録	2011年7月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月26日	Group: Database references
改定 1.2	2011年11月9日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3zt5.ent.gz	820.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3zt5_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zt5_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	3zt5_validation.xml.gz	86.1 KB	表示
CIF形式データ	3zt5_validation.cif.gz	123.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/3zt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/3zt5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zssC 3zstSC 3zt6C 3zt7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zst-1 4u2z-d 5vsj-d 3zt6-2 4u2y-d 4cn4-d 4cn6-d 3zt7-1 3zt6-1 4cn1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (3)
#138 - 2011年6月
グルカン分解酵素 (Glucansucrase)
類似性 (3)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

B: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

C: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

D: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

ヘテロ分子

312 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

B: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
156 kDa, 2 ポリマー
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2

C: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

D: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
156 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	113.820, 113.570, 315.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 15 - 663 / Label seq-ID: 35 - 683

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質

PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A / GLGE ISOFORM 1 / PEP1A / SCO5443 / 1-4-ALPHA-D-

分子量: 77564.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
株: M145 / プラスミド: PET15B-GLGE1-M145 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: Q9L1K2, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

INCLUDES AN ADDITIONAL 20 RESIDUES AT THE N-TERMINUS FOR NICKEL AFFINITY PURIFICATION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.8 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9763

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.516
1	1	K, H, -L	2	0.484

反射

解像度: 2.1→56.89 Å / Num. obs: 236917 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -9 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 26.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12

反射シェル

解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0101	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZST

3zst

解像度: 2.09→56.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 6.892 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22757	11847	5 %	RANDOM
R_work	0.20367	-	-	-
obs	0.20487	224955	98.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.53 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	19.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→56.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20386	0	92	486	20964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	21089
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	14245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.44	1.949	28875
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.236	3	34401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.079	5	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.779	22.517	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.025	15	3077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.39	15	207
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	3170
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	23725
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	4478
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	24828	0.03
1	2	B	24828	0.03
2	1	A	24884	0.04
2	2	C	24884	0.04
3	1	A	24838	0.04
3	2	D	24838	0.04
4	1	B	24781	0.03
4	2	C	24781	0.03
5	1	B	24781	0.03
5	2	D	24781	0.03
6	1	C	24752	0.03
6	2	D	24752	0.03

LS精密化シェル

解像度: 2.095→2.149 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	771	-
R_work	0.333	14181	-
obs	-	-	85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2585	-0.0891	0.1695	0.6567	0.0724	2.3174	0.0025	0.1197	0.0465	-0.0224	-0.0131	0.0005	-0.1501	-0.0343	0.0107	0.0168	-0.0022	0.0113	0.1611	0.0228	0.095	-4.0393	-11.6745	41.784
2	2.3491	-0.4862	-1.1326	1.7826	1.2106	3.2426	0.0015	0.1861	0.0649	-0.1444	0.0283	0.1012	0.002	-0.1277	-0.0299	0.0713	-0.0084	0.0115	0.1115	0.0397	0.1443	-19.4032	0.0389	63.1227
3	0.4598	-0.0763	-1.9185	0.5396	-0.4096	9.0129	-0.0119	0.0895	-0.0278	-0.0451	-0.1145	0.007	0.1195	-0.2474	0.1264	0.0088	0.0083	0.0193	0.1606	-0.0009	0.0855	0.861	-9.0589	38.5737
4	0.6801	-0.0237	0.0786	0.3042	-0.0584	0.541	-0.0006	0.0749	-0.0076	-0.0638	0.0022	-0.0219	0.0079	0.0021	-0.0015	0.0136	-0.0071	0.0031	0.2494	0.0033	0.09	-2.8119	-24.2412	6.0481
5	1.1245	0.4279	0.2497	1.4395	0.1287	1.1177	-0.0231	-0.0657	0.0375	0.2221	-0.0116	0.3209	0.0343	-0.1309	0.0347	0.0832	0.0085	0.0127	0.2567	0.0224	0.164	-30.2433	-27.4782	24.9181
6	0.6072	-0.0967	0.2133	0.5106	-0.1836	2.3926	0.0032	0.0725	-0.0144	0.016	0.0075	-0.0306	0.0625	0.0259	-0.0107	0.0025	0.0035	-0.0009	0.1988	-0.0131	0.1029	16.8439	-32.1398	37.2175
7	1.0985	-0.5215	0.0684	2.9449	0.2611	0.9192	0.0087	0.0103	-0.0602	0.2165	0.0087	-0.0525	0.2793	-0.1388	-0.0174	0.1817	-0.0202	0.0415	0.2391	-0.0383	0.2086	28.5332	-47.1474	16.0046
8	0.3747	-0.842	-0.5271	2.8332	0.6277	1.1402	0.2709	-0.0238	0.0487	0.0132	-0.1687	-0.0895	-0.8617	0.3129	-0.1022	0.7568	-0.2434	0.0426	0.4417	-0.0115	0.0415	19.2948	-27.2813	40.2948
9	0.2813	0.0065	0.1309	0.9877	0.0017	0.4253	0.0095	0.0208	0.0213	0.0991	0.0184	0.017	0.0049	0.0364	-0.0279	0.0491	0.0009	-0.0009	0.1201	-0.0039	0.038	4.2332	-31.0724	72.86
10	0.2642	0.2994	0.0238	1.0419	0.0365	0.6588	-0.0429	0.101	-0.1954	-0.232	-0.0089	-0.0344	0.3603	0.0622	0.0518	0.2748	0.0021	-0.0038	0.1957	-0.0317	0.2385	1.0859	-58.3846	54.0732
11	0.946	-0.1573	-0.1624	0.7752	-0.0528	2.9111	-0.0401	0.0908	0.0523	-0.0308	0.0253	-0.021	-0.202	0.0533	0.0148	0.0247	0.0134	-0.001	0.1281	0.0023	0.081	50.7912	-72.443	43.4917
12	1.6439	-0.8587	-0.7358	0.9112	1.085	1.8188	-0.0662	0.0211	-0.0395	-0.0339	-0.105	0.1241	-0.0673	0.0048	0.1712	0.1029	0.0002	-0.0084	0.0978	-0.0215	0.1079	37.6457	-62.1755	66.7797
13	0.3353	0.495	0.7599	0.7385	1.0313	2.9816	0.0006	0.0729	-0.0468	0.0112	0.0924	-0.0739	-0.3341	0.254	-0.0929	0.0921	0.0198	0.0057	0.2433	-0.0047	0.0342	55.5509	-69.7528	40.1571
14	0.7544	-0.1421	0.071	0.3347	0.0184	0.8422	-0.0378	0.0535	-0.0033	-0.0704	0.0149	-0.0205	-0.0692	-0.0422	0.0228	0.0256	-0.0066	0.0071	0.2127	0.0006	0.0617	49.581	-81.4234	6.5443
15	0.5163	0.3379	-0.048	1.1008	-0.1105	0.9648	-0.0793	-0.0502	0.0353	0.1533	-0.0254	0.2929	-0.0262	-0.1398	0.1047	0.0998	0.004	0.0267	0.2667	0.0046	0.1898	22.9464	-85.7119	25.9602
16	0.7007	-0.2095	0.0044	0.4367	-0.5026	2.3473	-0.0232	0.0784	-0.0215	0.0414	-0.051	0.0631	0.0603	0.1006	0.0742	0.0576	0.0297	0.0002	0.1631	-0.0143	0.0941	70.3519	-93.3725	35.7374
17	0.9139	0.0923	0.1089	2.206	0.0643	0.2231	0.075	0.0758	-0.1137	0.0449	-0.1116	-0.0292	0.157	0.0344	0.0367	0.1884	0.0222	0.0221	0.2594	-0.0302	0.1718	80.6088	-106.8596	12.5938
18	0.9745	0.6627	-0.8929	0.5063	-1.5407	16.5433	0.0072	-0.0106	0.1458	-0.0007	-0.0342	0.091	0.008	0.4478	0.027	0.024	0.0699	0.0098	0.2144	0.0273	0.0521	73.1419	-88.8685	39.0675
19	0.3137	0.0015	0.0222	0.8024	-0.171	0.5438	0.0122	0.0312	-0.017	0.0527	-0.0159	0.0523	0.0363	0.0222	0.0036	0.0561	0.0089	0.0098	0.0988	-0.0094	0.0523	60.5325	-94.7324	72.2937
20	0.1575	-0.2129	-0.1452	0.9449	0.3613	0.3247	-0.0399	0.0456	-0.1813	-0.1331	-0.0179	0.0849	0.1826	-0.0206	0.0578	0.313	-0.0205	0.0001	0.2154	-0.0382	0.2825	54.6876	-120.3275	51.8253

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	109 - 192
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	193 - 205
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	206 - 573
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	574 - 663
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	15 - 108
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	109 - 192
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	193 - 205
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	206 - 573
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	574 - 663
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	15 - 108
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	109 - 192
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	193 - 205
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	206 - 573
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	574 - 663
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	15 - 108
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	109 - 192
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	193 - 205
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	206 - 573
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	574 - 663

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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