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万見
- PDB-3zoq: Structure of BsUDG-p56 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zoq
タイトルStructure of BsUDG-p56 complex
要素
  • P56
  • URACIL-DNA GLYCOSYLASE
キーワードHYDROLASE/VIRAL PROTEIN / HYDROLASE-VIRAL PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / biological process involved in interaction with host / uracil DNA N-glycosylase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Phage phi29, UDG inhibitor P56 / Double Stranded RNA Binding Domain - #30 / Double Stranded RNA Binding Domain / Uracil-DNA glycosylase family 1 / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E ...: / Phage phi29, UDG inhibitor P56 / Double Stranded RNA Binding Domain - #30 / Double Stranded RNA Binding Domain / Uracil-DNA glycosylase family 1 / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / Other non-globular / Special / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uracil-DNA glycosylase / Protein p56
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)
BACILLUS PHAGE PHI29 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Banos-Sanz, J.I. / Mojardin, L. / Sanz-Aparicio, J. / Gonzalez, B. / Salas, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure and Functional Insights Into Uracil-DNA Glycosylase Inhibition by Phage Phi29 DNA Mimic Protein P56
著者: Banos-Sanz, J.I. / Mojardin, L. / Sanz-Aparicio, J. / Lazaro, J.M. / Villar, L. / Serrano-Heras, G. / Gonzalez, B. / Salas, M.
履歴
登録2013年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22013年7月31日Group: Atomic model / Database references
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URACIL-DNA GLYCOSYLASE
B: P56
C: P56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3545
ポリマ－39,2263
非ポリマー1282
水8,719484
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.770, 66.270, 102.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 URACIL-DNA GLYCOSYLASE / / UDG


分子量: 26083.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)
プラスミド: PT7-4-UDG-WT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39615, uracil-DNA glycosylase
#2: タンパク質 P56 / LEFT END OF BACTERIOPHAGE PHI-29 CODING FOR 15 POTENTIAL PROTEINS AMONG THESE ARE THE TERMINAL ...LEFT END OF BACTERIOPHAGE PHI-29 CODING FOR 15 POTENTIAL PROTEINS AMONG THESE ARE THE TERMINAL PROTEIN AND THE PROTEINS ENCODED BY THE GENES 1 / 2 (SUS) / 3 / AND (PROBABLY) 4


分子量: 6571.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS PHAGE PHI29 (ファージ) / プラスミド: PT7-3-P56-F29 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38503
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.52 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / pH: 8.5
詳細: 19% PEG 8000, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.25 M MAGNESIUM CHLORIDE AT 277 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月14日 / 詳細: PT COATED SI MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→23.86 Å / Num. obs: 65433 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EUG

2eug


解像度: 1.45→55.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.026 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18157 3309 5.1 %RANDOM
Rwork0.13937 ---
obs0.14146 61997 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.093 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→55.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2657 0 7 484 3148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022979
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1671.9624066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2395377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.32524.367158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.4415541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0941520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.61532979
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.9735102
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.88353269
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 231 -
Rwork0.159 4217 -
obs--99.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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