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万見
- PDB-3wns: Allyl isothiocyanate inhibitor complexed with Macrophage Migratio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wns
タイトルAllyl isothiocyanate inhibitor complexed with Macrophage Migration Inhibitory Factor
要素Macrophage migration inhibitory factor
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / Cytokine (サイトカイン) / Tautomerase / isomerase (異性化酵素) / Allyl isothiocyante / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / フェニルピルビン酸タウトメラーゼ / L-ドパクロムイソメラーゼ / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / フェニルピルビン酸タウトメラーゼ / L-ドパクロムイソメラーゼ / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of mature B cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of protein metabolic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / protein homotrimerization / positive regulation of protein kinase A signaling / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of phosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of fibroblast proliferation / 細胞老化 / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen / protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 炎症 / negative regulation of gene expression / 自然免疫系 / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-prop-2-en-1-ylthioformamide / 2-プロパノール / Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.658 Å
データ登録者Spencer, E.S. / Dale, E.J. / Gommans, A.L. / Rutledge, M.T. / Gamble, A.B. / Smith, R.A.J. / Wilbanks, S.M. / Hampton, M.B. / Tyndall, J.D.A.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Multiple binding modes of isothiocyanates that inhibit macrophage migration inhibitory factor
著者: Spencer, E.S. / Dale, E.J. / Gommans, A.L. / Rutledge, M.T. / Vo, C.T. / Nakatani, Y. / Gamble, A.B. / Smith, R.A. / Wilbanks, S.M. / Hampton, M.B. / Tyndall, J.D.
履歴
登録2013年12月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22019年12月4日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: reflns / reflns_shell / struct_conn
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value ..._reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor
B: Macrophage migration inhibitory factor
C: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,31717
ポリマ－37,0653
非ポリマー1,25214
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8450 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area13470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.090, 68.160, 87.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Macrophage migration inhibitory factor / / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase


分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLIF, MIF, MMIF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P14174, フェニルピルビン酸タウトメラーゼ, L-ドパクロムイソメラーゼ

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非ポリマー , 6種, 218分子

#2: 化合物 ChemComp-9AI / N-prop-2-en-1-ylthioformamide


分子量: 101.170 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS / Mosaicity: 0.71 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.9M ammonium sulfate, 100mM Tris pH 8.0, 200mM NaCl, 4%(v/v) 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 日付: 2013年8月16日 / 詳細: SILICON DOUBLE CRYSTAL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.658→53.741 Å / Num. obs: 97536 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 20.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.658-1.753.92.150.42736370371.2430.021480.6100
1.75-1.8540.52654566560.8760.015340.9100
1.85-1.9840.82506162960.5070.8871.6100
1.98-2.1441.42335758730.2920.5112.7100
2.14-2.3441.62158954200.1980.3464100
2.34-2.6243.31958849150.1310.2335.6100
2.62-3.03461729743450.070.1269.599.8
3.03-3.713.912.21462437040.0330.05917.199.6
3.71-5.243.918.41129728870.020.03625.798.9
5.24-30.4763.719.8601116350.0180.0322.397.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.66 Å30.48 Å
Translation1.66 Å30.48 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F2K

4f2k


解像度: 1.658→30.476 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / FOM work R set: 0.7488 / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 31.43 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 4711 5.07 %
Rwork0.2214 --
obs0.2232 92875 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.3 Å2 / Biso mean: 28.0055 Å2 / Biso min: 9.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.658→30.476 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2601 0 71 204 2876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0463777
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005493
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.221016
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.658-1.67680.38351380.362928863024100
1.6768-1.69660.4091820.373129353117100
1.6966-1.71730.43141660.375229233089100
1.7173-1.7390.39891640.36729763140100
1.739-1.76190.39771760.358929313107100
1.7619-1.7860.36641470.36129863133100
1.786-1.81150.36781260.345629463072100
1.8115-1.83860.40591820.33829623144100
1.8386-1.86730.37521920.330228303022100
1.8673-1.89790.33651740.330829543128100
1.8979-1.93060.36181380.328229613099100
1.9306-1.96570.34151310.301229653096100
1.9657-2.00350.34121260.284930213147100
2.0035-2.04440.32451830.27928843067100
2.0444-2.08880.32261500.281229593109100
2.0888-2.13740.3121680.252229653133100
2.1374-2.19090.3081910.251128933084100
2.1909-2.25010.33121560.25129453101100
2.2501-2.31630.31491330.25229573090100
2.3163-2.3910.30541770.225929103087100
2.391-2.47640.21961460.217229553101100
2.4764-2.57550.23271600.223529613121100
2.5755-2.69270.28761660.208529373103100
2.6927-2.83450.24651180.197530253143100
2.8345-3.0120.23161520.192429023054100
3.012-3.24430.20181660.181329393105100
3.2443-3.57030.17881640.165329203084100
3.5703-4.08590.17321600.15242921308199
4.0859-5.14380.19421370.14782920305799
5.1438-30.48090.20461420.19262895303798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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