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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vun | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a influenza A virus (A/Aichi/2/1968 H3N2) hemagglutinin in C2 space group. | |||||||||
要素 | (Hemagglutinin ...ヘマグルチニン) x 2 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL ENVELOPE PROTEIN (カプシド) / MEMBRANE FUSION / Glycosilation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Yasutake, Y. / Suzuki, T. / Kawaguchi, A. / Nobusawa, E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a influenza A virus (A/Aichi/2/1968 H3N2) hemagglutinin in C2 space group 著者: Yasutake, Y. / Suzuki, T. / Kawaguchi, A. / Nobusawa, E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vun.cif.gz | 592.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vun.ent.gz | 497.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vun.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/3vun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/3vun | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3hmgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 5
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
-Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 36238.652 Da / 分子数: 3 / 変異: G144S, I182V / 由来タイプ: 天然 詳細: Mutations (G144S and I182V) occurred during laboratory passage 由来: (天然) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Aichi/2/1968 H3N2 / 参照: UniProt: P03437 #2: タンパク質 | 分子量: 20198.324 Da / 分子数: 3 / 変異: E132D / 由来タイプ: 天然 詳細: Mutations (E132D) occurred during laboratory passage 由来: (天然) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Aichi/2/1968 H3N2 / 参照: UniProt: P03437 |
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-糖 , 4種, 15分子
#3: 多糖 | #4: 多糖 | #5: 多糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
配列の詳細 | THE SEQUENCE CONFLICTS IN THIS STRUCTURE WERE NATURALLY OCCURRENCE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25 詳細: 0.2M imidazole (pH 7.0), 27% Jeffamine ED-2001 (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月6日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. all: 43601 / Num. obs: 43601 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB code 3HMG 解像度: 3→30.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 39.396 / SU ML: 0.336 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.459 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 84.656 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→30.59 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.003→3.081 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 28.3353 Å / Origin y: 13.3963 Å / Origin z: 13.1834 Å
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精密化 TLSグループ |
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